Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCGATGTGAAGCTGTCGTCACCATCGCCTACGAAGCTCAGGCTCGTCTTCATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgaccgagtaaatcggtagtgctccatcggtctttatagactttttgtttagttactaacggaatttatgtggtggttgactcgtatgatatttc...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G42430.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116400730|gb|EG443322.1|EG443322
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCCTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400653|gb|EG443245.1|EG443245
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400708|gb|EG443300.1|EG443300
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400689|gb|EG443281.1|EG443281
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400657|gb|EG443249.1|EG443249
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400645|gb|EG443237.1|EG443237
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400655|gb|EG443247.1|EG443247
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400652|gb|EG443244.1|EG443244
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400724|gb|EG443316.1|EG443316
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400722|gb|EG443314.1|EG443314
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400740|gb|EG443332.1|EG443332
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400649|gb|EG443241.1|EG443241
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400743|gb|EG443335.1|EG443335
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400738|gb|EG443330.1|EG443330
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400656|gb|EG443248.1|EG443248
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400658|gb|EG443250.1|EG443250
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400711|gb|EG443303.1|EG443303
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400742|gb|EG443334.1|EG443334
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400634|gb|EG443226.1|EG443226
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400737|gb|EG443329.1|EG443329
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400686|gb|EG443278.1|EG443278
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400741|gb|EG443333.1|EG443333
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400709|gb|EG443301.1|EG443301
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400644|gb|EG443236.1|EG443236
EST:     ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
EST: gi|116400651|gb|EG443243.1|EG443243
EST:     ATGACCCTGTTTATGAATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAG                         GTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC
genomic: ATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgacc ... gtttatatagGTGGCTTTCTTGCAATCACAAGTCATGCAAATGAAGGCACAGATAGCTGGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCGATGTGAAGCTGTCGTCACCATCGCCTACGAAGCTCAGGCTCGTCTTCATGACCCTGTTTATGGATGTGTCTCTCATATCTTTGCCCTCCAACAACAGgtaattgaccgagtaaatcggtagtgctccatcggtctttatagactttttgtttagttactaacggaatttatgtggtggttgactcgtatgatatttc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctccatcg