1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...acgttttgcagtaagacagggtgtacaagaatgctgaaattattgcaggaaagtgcattttggtttccagttctgactcagctttgcactgcacttgcagCAAAAATGGGAGTGGAAACACCTTTACCATGTCCATGAAAGAAGGAGCTGTTAAAGTTGGTGGTTTACAGTTTCCCTTGGATGCTCAAGGAGAATTTGTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G171871_T01 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCAGCTAGCCCCTTCCCAGGTCTCACTCTTAATGCAACAGGCAACATATG CAAAAATGGGAGTGGAAACACCTTTACCATGTCCATGAAAGAAGGAGCTGTEST: gi|5791072|gb|AI977864.1|AI977864
genomic: TCAGCTAGCCCCTTCCCAGGTCTCACTCTTAATGCAACAGGCAACATATGgtaagtctgt ... gcacttgcagCAAAAATGGGAGTGGAAACACCTTTACCATGTCCATGAAAGAAGGAGCTGT
EST: TGCAACAGGCAACATATG CAAAAATGGGAGTGGAAACACCTTTACCATGTCCATGAAAGAAGGAGCTGT
genomic: TGCAACAGGCAACATATGgtaagtctgt ... gcacttgcagCAAAAATGGGAGTGGAAACACCTTTACCATGTCCATGAAAGAAGGAGCTGT
caggaaagtgcattttggtttccagttctgactcagctttgcactgcacttgcagCAAAAATGGGAGTGGAAACACCTTTACCATGTCCATGAAAGAAGGAGCTGTTAAAGTTGGTGGTTTACAGTTTCCCTTGGATGCTCAAGGAGAATTTGTG
ttctgac putative branch site (score: 11)
atttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| acgttttgcagtaagacagggtgtacaagaatgctgaaattattgcaggaaagtgcattttggtttccagttctgactcagctttgcactgcacttgcagCAAAAATGGGAGTGGAAACACCTTTACCATGTCCATGAAAGAAGGAGCTGTTAAAGTTGGTGGTTTACAGTTTCCCTTGGATGCTCAAGGAGAATTTGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- -ttttgca
- - - - - - - - - - - - - - - -tgctgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcagga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgcatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttctgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctttgca