Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgccttggagctagcgttaatatgaggttagagtgtttatgtgcaccaagaactaacattctgcattctaggaagAAGCTGACGTACATTGCACCTTGCCCGGGGGACTTGCCAAGCAGGTTGTTGATCGCGAGTTCACTTACATGGTATGAAGCGTGATCAGTCTAAGTTAGAT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G038588_T02
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G038588_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os02g12570.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
gtatgccttggagctagcg---ttaatatgagg---ttagagtgtttatg-tgcaccaagaactaacattctg-cattctaggaagAAGCTGACGTACATTGCACCTTGCCCGGGGGACTTGCCAAGCAGGTTGTTGATCGCGAGTTCACTTACATGGTATGAAGCGTGATCAGTCTAAGTTAGAT
|||  ||    | | |       ||  |||      ||   |  ||  || |    |   |  |||||| ||  ||||  ||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||| ||||||| | | |||| || ||||| ||  | || ||||| || || |||||||   | |      
gtacccccaacaaccaagaaaactagcatgtacctttttatggattcgtggtaagacctaacttaacatgctctcatttcagGAAGAAGCTCACATACATTGCACCATGCCCAGGGGACCTGCCAAGTAAGCTGTTAATTGCGAGCTCGTTAACGTGGTACGAGGCTTGATCAGCTCATGGC----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71323423|gb|DR798362.1|DR798362
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|71323423|gb|DR798362.1|DR798362
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|148999969|gb|EE037044.2|EE037044
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|148999969|gb|EE037044.2|EE037044
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|149010086|gb|EE041893.2|EE041893
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|149010086|gb|EE041893.2|EE041893
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|211229043|gb|FL456610.1|FL456610
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGGAAG                      
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCC--A--AAGgtatgccttg ... ttctagg
EST: gi|50338769|gb|CO533895.1|CO533895
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|50338769|gb|CO533895.1|CO533895
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|31405753|gb|CD484485.1|CD484485
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|31405753|gb|CD484485.1|CD484485
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|50338323|gb|CO533449.1|CO533449
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|50338323|gb|CO533449.1|CO533449
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|71763129|gb|DR961066.1|DR961066
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|71763129|gb|DR961066.1|DR961066
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|71324526|gb|DR798964.1|DR798964
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|71324526|gb|DR798964.1|DR798964
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|86471476|gb|DY237846.1|DY237846
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|86471476|gb|DY237846.1|DY237846
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|93014406|gb|EB639926.1|EB639926
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|93014406|gb|EB639926.1|EB639926
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|110518920|gb|EE023507.1|EE023507
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|110518920|gb|EE023507.1|EE023507
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|149073620|gb|EE161922.2|EE161922
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|149073620|gb|EE161922.2|EE161922
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|148965176|gb|EE015985.2|EE015985
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|148965176|gb|EE015985.2|EE015985
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|78075700|gb|DV504134.1|DV504134
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|78075700|gb|DV504134.1|DV504134
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|149034778|gb|EE155078.2|EE155078
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         AAGCTGACGTACATTGCACCTTGCCCGGGGGACTTGCCAAGCAGGTTGTTG
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaagAAGCTGACGTACATTGCACCTTGCCCGGGGGACTTGCCAAGCAGGTTGTTG
EST: gi|60401015|gb|DN233822.1|DN233822
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|60401015|gb|DN233822.1|DN233822
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|78081105|gb|DV509517.1|DV509517
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|78081105|gb|DV509517.1|DV509517
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|71756919|gb|DR954856.1|DR954856
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|71756919|gb|DR954856.1|DR954856
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|211013387|gb|FL466952.1|FL466952
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|211013387|gb|FL466952.1|FL466952
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|78122373|gb|DV540757.1|DV540757
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTTCTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|78122373|gb|DV540757.1|DV540757
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTTCTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|86471665|gb|DY238035.1|DY238035
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|86471665|gb|DY238035.1|DY238035
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgaggttagagtgtttatgtgcaccaagaactaacattctgcattctaggaagAAGCTGACGTACATTGCACCTTGCCCGGGGGACTTGCCAAGCAGGTTGTTGATCGCGAGTTCACTTACATGGTATGAAGCGTGATCAGTCTAAGTTAGAT
                              aactaac  putative branch site (score: 1)
             tgtttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgccttggagctagcgttaatatgaggttagagtgtttatgtgcaccaagaactaacattctgcattctaggaagAAGCTGACGTACATTGCACCTTGCCCGGGGGACTTGCCAAGCAGGTTGTTGATCGCGAGTTCACTTACATGGTATGAAGCGTGATCAGTCTAAGTTAGAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC