1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...gatgtgttcactggagtcgttacctagaaatctcgcttactgtgacatatcacaccgagcatcattttatatctgctgtgcgccctccttgctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATATCAAATGCAGCTCTTCAAACTTCACAGATAGATTATTATGAAGTAAATG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G860137_T02 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATAEST: gi|78180536|gb|DV551029.1|DV551029
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATAEST: gi|71426142|gb|DR807192.1|DR807192
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATAEST: gi|93281947|gb|EB674211.1|EB674211
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATAEST: gi|211211417|gb|FL472067.1|FL472067
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: TTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATAEST: gi|149110542|gb|EE294180.2|EE294180
genomic: TTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATAEST: gi|110202377|gb|EC884274.1|EC884274
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATAEST: gi|149107170|gb|EE189057.2|EE189057
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATAEST: gi|71437289|gb|DR818339.1|DR818339
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATAEST: gi|89760641|gb|DY688973.1|DY688973
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATAEST: gi|71298332|gb|DR785147.1|DR785147
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATAEST: gi|88748462|gb|DY532603.1|DY532603
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATAEST: gi|6994169|gb|AW453383.1|AW453383
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATAEST: gi|74232956|gb|DT640870.1|DT640870
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: TGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATAEST: gi|6865254|gb|AW360604.1|AW360604
genomic: TGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: GCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCNCAG GCACCTGAGCTGTTTACGNCAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATAEST: gi|110939957|gb|EE160114.1|EE160114
genomic: GCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
catatcacaccgagcatcattttatatctgctgtgcgccctccttgctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATATCAAATGCAGCTCTTCAAACTTCACAGATAGATTATTATGAAGTAAATG
tgctaat putative branch site (score: 2)
ccctccttgct CT-rich tract
atcattttatatct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gatgtgttcactggagtcgttacctagaaatctcgcttactgtgacatatcacaccgagcatcattttatatctgctgtgcgccctccttgctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATATCAAATGCAGCTCTTCAAACTTCACAGATAGATTATTATGAAGTAAATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC