Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgatgaactttggaatgtttgatttactgctgattatgatgtttttatggtttatgtccttttcccaaaatgtgatattatgtgctgcccgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGAACAGATACATCAGCCCTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G143862_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22521075|gb|BU079886.1|BU079886
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|24934232|gb|CA452450.1|CA452450
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|148933739|gb|EC877663.2|EC877663
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|8516679|gb|BE123404.1|BE123404
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|32945668|gb|CF050487.1|CF050487
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|15079595|gb|BI388765.1|BI388765
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|32837934|gb|CD977612.1|CD977612
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|213170617|gb|FM193174.1|FM193174
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|78026256|gb|DV494643.1|DV494643
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|67021131|gb|CO449880.1|CO449880
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|32859024|gb|CD998705.1|CD998705
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|148934427|gb|EC878461.2|EC878461
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|149105031|gb|EE290510.2|EE290510
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|16918407|gb|BM073730.1|BM073730
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|211286471|gb|FL080392.1|FL080392
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|31359777|gb|CD444134.1|CD444134
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|8516411|gb|BE123137.1|BE123137
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCCCCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|67023546|gb|CO452295.1|CO452295
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|37398696|gb|CF636665.1|CF636665
EST:     CCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCCCCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|4886023|gb|AI677143.1|AI677143
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|4630558|gb|AI621432.1|AI621432
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|22521074|gb|BU079885.1|BU079885
EST:     GCAAGTTCAAGCCCGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCCCCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|67020361|gb|CO449110.1|CO449110
EST:     GCACGGCAAGTTCAAGCCAGTCATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAAT-TGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCACGGCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|211377905|gb|FL437238.1|FL437238
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|8516291|gb|BE123018.1|BE123018
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|24767218|gb|CA402362.1|CA402362
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|22715446|gb|BU197768.1|BU197768
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|15100393|gb|BI396184.1|BI396184
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|67015451|gb|CO444200.1|CO444200
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAAGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCNGTTGAGG-ATGAGTGGGCCATCAAG
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATC-GTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAG
EST: gi|33102141|gb|CF062101.1|CF062101
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|78026598|gb|DV494985.1|DV494985
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCCCCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|67024935|gb|CO453684.1|CO453684
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|211286472|gb|FL080393.1|FL080393
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|4886138|gb|AI677258.1|AI677258
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|60343399|gb|DN210372.1|DN210372
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|60394144|gb|DN227014.1|DN227014
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|32849141|gb|CD988822.1|CD988822
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|67012343|gb|CO441092.1|CO441092
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|32847266|gb|CD986947.1|CD986947
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|67021107|gb|CO449856.1|CO449856
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|6654183|gb|AW267588.1|AW267588
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|32836454|gb|CD976132.1|CD976132
EST:     TTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: TTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|5108301|gb|AI740014.1|AI740014
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|149081933|gb|EE171094.2|EE171094
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|87155550|gb|DY400339.1|DY400339
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|211286475|gb|FL080396.1|FL080396
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|6827945|gb|AW331588.1|AW331588
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|71324861|gb|DR799137.1|DR799137
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|32839102|gb|CD978783.1|CD978783
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|3157350|gb|AA979972.1|AA979972
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|26558921|gb|CA831156.1|CA831156
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
EST: gi|211286477|gb|FL080398.1|FL080398
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 400

GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGAACAGATACATCAGCCCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 358

GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGAACAGATACATCAGCCCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 426

GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGAACAGATACATCAGCCCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 422

GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTCGATGgtacgatgaa ... cgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGAACAGATACATCAGCCCTG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatggtttatgtccttttcccaaaatgtgatattatgtgctgcccgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGAACAGATACATCAGCCCTG
                                                tttcc  CT-rich tract
                      aaaatgtgatattat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtacgatgaactttggaatgtttgatttactgctgattatgatgtttttatggtttatgtccttttcccaaaatgtgatattatgtgctgcccgatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGTTGAGGGATGAGTGGGCCATCAAGAACAGATACATCAGCCCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAC