1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...ggcttatctctgctcctcgttctagtttagctatgatctttagtacttgagccttgtaagacttgatgcttaggtcagttttcctgtgtcttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATATTGTCAACCTCTTCTCGTTCTCAAAGGCTTATGGAATGATGGGGTGGCGT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G107639_T01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGA GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATATEST: gi|67030337|gb|CO459086.1|CO459086
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
EST: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACNATACCTATGA GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTTAGA-GATGCTCATAEST: gi|148963140|gb|EE014107.2|EE014107
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTT-AGAAGATGCTCATA
EST: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGA GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATATEST: gi|149112179|gb|EE295100.2|EE295100
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
EST: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGA GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATATEST: gi|149084340|gb|EE173781.2|EE173781
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
EST: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGGTGACAATACCTATGA GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTEST: gi|76286951|gb|DV026519.1|DV026519
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTT
EST: ATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTTGACA-TACCTATGA GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTEST: gi|50325408|gb|CO520534.1|CO520534
genomic: ATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTT-GACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTT
EST: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGA GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTEST: gi|67011573|gb|CO440322.1|CO440322
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTT
EST: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGA GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
cttgagccttgtaagacttgatgcttaggtcagttttcctgtgtcttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATATTGTCAACCTCTTCTCGTTCTCAAAGGCTTATGGAATGATGGGGTGGCGT
acttgat putative branch site (score: 2205)
ttttcctgtgtctttt putative PPT
tctttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggcttatctctgctcctcgttctagtttagctatgatctttagtacttgagccttgtaagacttgatgcttaggtcagttttcctgtgtcttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATATTGTCAACCTCTTCTCGTTCTCAAAGGCTTATGGAATGATGGGGTGGCGT
- - - - -ctgctcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtacttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgct