1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...gaaaaacagttccatgcctttgacctttgacccaaatttgaaaactgtgaatttgatctttggcttcactttatcgaatatttatcttatgaatatgtagGATGTTGATCCAGGCAAAAGGCCAGGTGCAGGACCTGATGGTTATTCTTCCTTGAAGGAGCATCCTTTCTTCAGAGGCATAGACTGGAAGAACCTGAGGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G097821_T02 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCCAGAGTATTTTTCAGCTGAAGCTAGAGATCTTGTTGACAAATTGCTG GATGTTGATCCAGGCAAAAGGCCAGGTGCAGGACCTGATGGTTATTTTTCC
genomic: TTCCAGAGTATTTTTCAGCTGAAGCTAGAGATCTTGTTGACAAATTGCTGgtatgtctaa ... gaatatgtagGATGTTGATCCAGGCAAAAGGCCAGGTGCAGGACCTGATGGTTATTCTTCC
tgtgaatttgatctttggcttcactttatcgaatatttatcttatgaatatgtagGATGTTGATCCAGGCAAAAGGCCAGGTGCAGGACCTGATGGTTATTCTTCCTTGAAGGAGCATCCTTTCTTCAGAGGCATAGACTGGAAGAACCTGAGGA
atttgat putative branch site (score: 79)
tttatcgaatatttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gaaaaacagttccatgcctttgacctttgacccaaatttgaaaactgtgaatttgatctttggcttcactttatcgaatatttatcttatgaatatgtagGATGTTGATCCAGGCAAAAGGCCAGGTGCAGGACCTGATGGTTATTCTTCCTTGAAGGAGCATCCTTTCTTCAGAGGCATAGACTGGAAGAACCTGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
-aaaaaca
- - - - - tccatgc
- - - - - - - - - - - - - - -acccaaa