Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtagatcctgttttccacaaatgactatcgataatgttctcatatggtttactttctactcggataaagttttcatcagttggtctctgtctatgtctacgtctgatggaatgcagGTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCAACCTGCCTTGGAATTATAGTATCACTACTCATTGGTACACCTGTCAAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G412899_T05
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G412899_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os02g17500.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
gtatgtagatcctgttttccacaaatgactatcgataatgttctcatatggtttactttctactcggataaagttttcatcagttggtctctgtctatgtctacgtctgatggaatgcagGTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCAACCTGCCTTGGAATTATAGTATCACTACTCATTGGTACACCTGTCAAAG
|||||||  |  |||| | |||  ||| ||           ||||  || || |   |      |  |||    | | ||   || ||  || | | |   ||       | | || |||||||||||| || |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || || |||||||||||||| || |
gtatgtaattggtgttatgcacctatgcct--------caatctctgattgtctgtat------caaatattaatcttattcatttgtacctttttct---tataatcccttggatccagGTTTCTCCTCCTTCAGTGAGGGGCACATATGGGAGCTTTGTTCAGATTGCAACCTGCCTTGGAATCGTAGTATCTCTCCTAATTGGTACACCTGTGAAGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78087261|gb|DV515654.1|DV515654
EST:     GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAG                         GTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
genomic: GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAGgtatgtagat ... tggaatgcagGTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
EST: gi|149026990|gb|EE046327.2|EE046327
EST:     GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAG                         GTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
genomic: GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAGgtatgtagat ... tggaatgcagGTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
EST: gi|148947449|gb|EC892877.2|EC892877
EST:     GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAG                         GTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTTGT-CAGATTGC
genomic: GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAGgtatgtagat ... tggaatgcagGTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTT-GTTCAGATTGC
EST: gi|74240466|gb|DT648380.1|DT648380
EST:     GAACAGGGATGGGATTGGGGCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAG                         GGTTCTCCCTTCTACGGTGAGGGGTACATAT
genomic: GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAGgtatgtagat ... tggaatgcagGTTTCTCC-TTCTACAGTGAGGGGTACATAT
EST: gi|71321131|gb|DR797264.1|DR797264
EST:     GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAG                         GTTTCTCCTTCTACA
genomic: GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAGgtatgtagat ... tggaatgcagGTTTCTCCTTCTACA
EST: gi|50326106|gb|CO521232.1|CO521232
EST:     GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAG                         GTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
genomic: GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAGgtatgtagat ... tggaatgcagGTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
EST: gi|78109755|gb|DV528171.1|DV528171
EST:     GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAG                         GTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
genomic: GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAGgtatgtagat ... tggaatgcagGTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
EST: gi|149015283|gb|EE045085.2|EE045085
EST:     GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAG                         GTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
genomic: GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAGgtatgtagat ... tggaatgcagGTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
EST: gi|71439810|gb|DR820860.1|DR820860
EST:     GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAG                         GTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
genomic: GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAGgtatgtagat ... tggaatgcagGTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
EST: gi|71438358|gb|DR819408.1|DR819408
EST:     GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAG                         GTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
genomic: GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAGgtatgtagat ... tggaatgcagGTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
EST: gi|149095879|gb|EE181538.2|EE181538
EST:     GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAG                         GTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
genomic: GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAGgtatgtagat ... tggaatgcagGTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
EST: gi|71766867|gb|DR964804.1|DR964804
EST:     GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAG                         GTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
genomic: GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAGgtatgtagat ... tggaatgcagGTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
EST: gi|71764940|gb|DR962877.1|DR962877
EST:     GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAG                         GTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
genomic: GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAGgtatgtagat ... tggaatgcagGTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
EST: gi|148966112|gb|EE017056.2|EE017056
EST:     GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAG                         GTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA
genomic: GAACAGGGATGGGATTGGGTCCACCAGTAGCTTCACTTTATATAACGGAGgtatgtagat ... tggaatgcagGTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggataaagttttcatcagttggtctctgtctatgtctacgtctgatggaatgcagGTTTCTCCTTCTACAGTGAGGGGTACATATGGTAGCTTTGTTCAGATTGCAACCTGCCTTGGAATTATAGTATCACTACTCATTGGTACACCTGTCAAAG
                                       gtctgat  putative branch site (score: 4)
     aagtttt  TA-rich tract