1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtatgtggtccttcttccttgtgagctgggaaatactgcatcacagttagtgatggatctattttgtttactatttgctgtactatttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTGACCCTCCGAAAGGTGTCCTTTGCTATGGCCCACCTGGTACTGGCAAGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G110185_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|211399668|gb|FL004442.1|FL004442
genomic: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtc ... atttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|149015481|gb|EE045355.2|EE045355
genomic: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtc ... atttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|211285323|gb|FL004422.1|FL004422
genomic: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtc ... atttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|211283517|gb|FL004412.1|FL004412
genomic: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtc ... atttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|149087114|gb|EE176653.2|EE176653
genomic: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtc ... atttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|211285334|gb|FL004433.1|FL004433
genomic: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtc ... atttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|32846361|gb|CD986042.1|CD986042
genomic: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtc ... atttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: ACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|211283515|gb|FL004410.1|FL004410
genomic: ACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtc ... atttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|211283510|gb|FL004405.1|FL004405
genomic: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtc ... atttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|67028224|gb|CO456973.1|CO456973
genomic: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtc ... atttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|78085799|gb|DV514192.1|DV514192
genomic: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtc ... atttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|19436438|gb|BM952848.1|BM952848
genomic: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtc ... atttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|211285332|gb|FL004431.1|FL004431
genomic: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtc ... atttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|28930845|gb|CB334206.1|CB334206
genomic: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtc ... atttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCT-GGTAT-
genomic: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtc ... atttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
atcacagttagtgatggatctattttgtttactatttgctgtactatttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTGACCCTCCGAAAGGTGTCCTTTGCTATGGCCCACCTGGTACTGGCAAGA
ctattttt CT-rich tract
tattttgtttactatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtggtccttcttccttgtgagctgggaaatactgcatcacagttagtgatggatctattttgtttactatttgctgtactatttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTGACCCTCCGAAAGGTGTCCTTTGCTATGGCCCACCTGGTACTGGCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA