Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtataagagagtgtcagagtagtatttttccatttactgttcatcgaattgatcaaccgattcatgataatgcatctttgtgcagTTTGCTATGCATGATGATCAGCCATACCACAAATCCTGCTACAAAGAGTTTTTTCATCCGAAATGCGATGTTTGCAACAACTTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G099328_T01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G099328_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os12g40490.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtataagagagtgtcagagtagtatttttccatttactgttcatcgaatt-gatcaaccgattcatgataatgcatctttgtg-cagTTTGCTATGCATGATGATCAGCCATACCACAAATCCTGCTACAAAGAGTTTTTTCATCCGAAATGCGATGTTTGCAACAACTTT
        |  |  ||   || ||| |  ||| | || || | |  |||  |||  |  | || ||  | ||     | | |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||
--------gtattacaccctattatatcaccactaaccgtccttacaatcagatgtaatgttttatacttattttcttctatttcagTTTGCTATGCATGAAGATCAGCCATACCACAAATCATGCTACAAAGATTTTTTCCATCCAAAATGTGATGTCTGCAAGAACTTT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211513637|gb|FL388499.1|FL388499
EST:     CTCAATGCTTCAGATGTTTTGCTTGCAACAAACCCATATCAGAGTATGAG                         TTTGCTATGCATGATGATCAGCCATACCACAAATCCTGCTACAAAGAGTTT
genomic: CTCAATGCTTCAGATGTTTTGCTTGCAACAAACCCATATCAGAGTATGAGgtataagaga ... ctttgtgcagTTTGCTATGCATGATGATCAGCCATACCACAAATCCTGCTACAAAGAGTTT
EST: gi|6020787|gb|AW065715.1|AW065715
EST:     CTCAATGCTTCAGATGTTTTGCTTGCAACAAACCCATATCAGAGTATGAG                         TTTGCTATGCATGATGATCAGCCATACCACAAATCCTGCTACAAAGAGTTT
genomic: CTCAATGCTTCAGATGTTTTGCTTGCAACAAACCCATATCAGAGTATGAGgtataagaga ... ctttgtgcagTTTGCTATGCATGATGATCAGCCATACCACAAATCCTGCTACAAAGAGTTT
EST: gi|71773669|gb|DR971566.1|DR971566
EST:     CTCAATGCTTCAGATGTTTTGCTTGCAACAAACCCATATCAGAGTATGAG                         TTTGCTATGCATGATGATCAGCCATACCACAAATCCTGCTACAAAGAGTTT
genomic: CTCAATGCTTCAGATGTTTTGCTTGCAACAAACCCATATCAGAGTATGAGgtataagaga ... ctttgtgcagTTTGCTATGCATGATGATCAGCCATACCACAAATCCTGCTACAAAGAGTTT
EST: gi|76287174|gb|DV026742.1|DV026742
EST:     CTCAATGCTTCAGATGTTTTGCTTGCAACAAACCCATATCAGAGTATGAG                         TTTGCTATGCATGATGATCAGCCATACCACAAATCCTGCTACAAAGAGTTT
genomic: CTCAATGCTTCAGATGTTTTGCTTGCAACAAACCCATATCAGAGTATGAGgtataagaga ... ctttgtgcagTTTGCTATGCATGATGATCAGCCATACCACAAATCCTGCTACAAAGAGTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catttactgttcatcgaattgatcaaccgattcatgataatgcatctttgtgcagTTTGCTATGCATGATGATCAGCCATACCACAAATCCTGCTACAAAGAGTTTTTTCATCCGAAATGCGATGTTTGCAACAACTTT
                aattgat  putative branch site (score: 4)
                                          catcttt  putative PPT
                                 atgataat  TA-rich tract