Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaattatcagacggaaattttgtatgttgatgttatgtatagttctgatttgtaagttactgtgatgtggaattgatgccgtttaatatttgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGATTGTTGGTGGATCAACTTTTGGAAATGTAGCTATTGCAGATCAAACCTCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G087105_T02
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G087105_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os11g07970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
aaattatcagacggaaattttgtatgttgatgttatgtatagttctgatttgtaagttactgtgatgtggaattgatgccgtttaatatttgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGATTGTTGGTGGATCAACTTTTGGAAATGTAGCTATTGCAGATCAAACCTCA
||   |  | |    |      | ||    ||| ||||| |||||||  || ||  ||| | ||   || |  |||||||  || |  | |||  |||||||||||||| |||||  ||||||| ||||  ||||| ||||||||||| |||| || ||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| 
aatgcagaaaaaaagagacaattttgcccctgtgatgtacagttctgcattctatattagtatgtcctgcagctgatgcctatttaactgtgttatacagGCTTCACTCTTCTCCCTTGACATGCTTGACAATAACAGATGACCAGCTCATTGCTGCTGGTTCTACATTTGGAAATGTAGCTATTGCAGATCAAACCTCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148986029|gb|EE029876.2|EE029876
EST:     CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG                         GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: gi|211348374|gb|FL045514.1|FL045514
EST:     CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG                         GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: gi|148991227|gb|EE032692.2|EE032692
EST:     CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG                         GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: gi|211348372|gb|FL045512.1|FL045512
EST:     CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG                         GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: gi|76021370|gb|DT948540.1|DT948540
EST:     CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG                         GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: gi|76011998|gb|DT939168.1|DT939168
EST:     CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG                         GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: gi|6021302|gb|AW066230.1|AW066230
EST:     CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG                         GCTTCACTCCTCTCCTGNGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: gi|7216529|gb|AW562651.1|AW562651
EST:     GTTGCTCACGTATTTATCG                         GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: GTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: gi|74238280|gb|DT646194.1|DT646194
EST:     CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG                         GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: gi|78107838|gb|DV526256.1|DV526256
EST:     CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG                         GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgatttgtaagttactgtgatgtggaattgatgccgtttaatatttgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGATTGTTGGTGGATCAACTTTTGGAAATGTAGCTATTGCAGATCAAACCTCA
                                    tttaatatttgtacta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaattatcagacggaaattttgtatgttgatgttatgtatagttctgatttgtaagttactgtgatgtggaattgatgccgtttaatatttgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGATTGTTGGTGGATCAACTTTTGGAAATGTAGCTATTGCAGATCAAACCTCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGATCA