1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...aaattatcagacggaaattttgtatgttgatgttatgtatagttctgatttgtaagttactgtgatgtggaattgatgccgtttaatatttgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGATTGTTGGTGGATCAACTTTTGGAAATGTAGCTATTGCAGATCAAACCTCA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G087105_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGATEST: gi|211348374|gb|FL045514.1|FL045514
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGATEST: gi|76021370|gb|DT948540.1|DT948540
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGATEST: gi|74238280|gb|DT646194.1|DT646194
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGATEST: gi|211348372|gb|FL045512.1|FL045512
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGATEST: gi|6021302|gb|AW066230.1|AW066230
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG GCTTCACTCCTCTCCTGNGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGATEST: gi|76011998|gb|DT939168.1|DT939168
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGATEST: gi|7216529|gb|AW562651.1|AW562651
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: GTTGCTCACGTATTTATCG GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGATEST: gi|148986029|gb|EE029876.2|EE029876
genomic: GTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGATEST: gi|148991227|gb|EE032692.2|EE032692
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
tgatttgtaagttactgtgatgtggaattgatgccgtttaatatttgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGATTGTTGGTGGATCAACTTTTGGAAATGTAGCTATTGCAGATCAAACCTCA
tttaatatttgtacta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaattatcagacggaaattttgtatgttgatgttatgtatagttctgatttgtaagttactgtgatgtggaattgatgccgtttaatatttgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGATTGTTGGTGGATCAACTTTTGGAAATGTAGCTATTGCAGATCAAACCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - tgttgat
- - - - - - - - - - - - - - - - -tatgtat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgcc