1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gttggtttttgtttcttgtattctctaataactttgtttttcgaatgtatatatcagtttaaagtgtacaatttgttgatgcagTTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G065757_T02 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAG TTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTGEST: gi|67017226|gb|CO445975.1|CO445975
genomic: TCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAGgttggttttt ... gttgatgcagTTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
EST: ACAAGGGTGATCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAG TTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTGEST: gi|31354952|gb|CD439309.1|CD439309
genomic: ACAAGGGTGATCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAGgttggttttt ... gttgatgcagTTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
EST: CAAGGGTGATCACTTC-TTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAG TTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTGEST: gi|32823224|gb|CD962946.1|CD962946
genomic: CAAGGGTGATCACA-CGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAGgttggttttt ... gttgatgcagTTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
EST: ACAAGGGTGATCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAG TTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTGEST: gi|33097906|gb|CF057866.1|CF057866
genomic: ACAAGGGTGATCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAGgttggttttt ... gttgatgcagTTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
EST: ACAAGGGTGATCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAG TTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTGEST: gi|211224724|gb|FL222442.1|FL222442
genomic: ACAAGGGTGATCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAGgttggttttt ... gttgatgcagTTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
EST: ACAAGGGCGATCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAG TTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
genomic: ACAAGGGTGATCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAGgttggttttt ... gttgatgcagTTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
aactttgtttttcgaatgtatatatcagtttaaagtgtacaatttgttgatgcagTTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
tgttgat putative branch site (score: 4)
tatatatcagtttaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttggtttttgtttcttgtattctctaataactttgtttttcgaatgtatatatcagtttaaagtgtacaatttgttgatgcagTTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA