1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtactccatgcgccattcatattttatacctgttgtttgttccaaggattttctgtgcgcattgcctcctccggccccacaatgacatgctgtgtcgtgcagTTTCAGAAGATGGAAACAAAAATGTCGTTTCTCACCGAAGTTGGAAACCTGGTGTTACGATCGAGAGATTTGACAGAGAGGATGCGGAAGAAGCTTTTGT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G119261_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGGAGGAGGGTTACATTCGGCAGCTAGCTGCACTTGTGATCGAAAAGCAG TTTCAGAAGATGGAAACAAAAATGTCGTTTCTCACCGAAGTTGGAAACCTGEST: gi|76923623|gb|DV169578.1|DV169578
genomic: AGGAGGAGGGTTACATTCGGCAGCTAGCTGCACTTGTGATCGAAAAGCAGgtactccatg ... tgtcgtgcagTTTCAGAAGATGGAAACAAAAATGTCGTTTCTCACCGAAGTTGGAAACCTG
EST: AGGAGGAGGGTTACATTCGGCAGCTAGCTGCACTTGTGATCGAAAAGCAG TTTCAGAAGATGGAAACAAAAATGTCGTTTCTCACCGAAGTTGGAAACCTG
genomic: AGGAGGAGGGTTACATTCGGCAGCTAGCTGCACTTGTGATCGAAAAGCAGgtactccatg ... tgtcgtgcagTTTCAGAAGATGGAAACAAAAATGTCGTTTCTCACCGAAGTTGGAAACCTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtactccatgcgccattcatattttatacctgttgtttgttccaaggattttctgtgcgcattgcctcctccggccccacaatgacatgctgtgtcgtgcagTTTCAGAAGATGGAAACAAAAATGTCGTTTCTCACCGAAGTTGGAAACCTGGTGTTACGATCGAGAGATTTGACAGAGAGGATGCGGAAGAAGCTTTTGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC