1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...ttgagtggttcaaacaaattgtttttgctagtgagtgggtaattaacatgataacaaagttgttttttggttcacatttttctcattacttttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G074373_T02 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAG CCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGEST: gi|78090597|gb|DV518971.1|DV518971
genomic: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagctttt ... tttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATG
EST: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAG CCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGAEST: gi|211035651|gb|FK982762.1|FK982762
genomic: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagctttt ... tttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGA
EST: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAG CCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGAEST: gi|93013445|gb|EB638965.1|EB638965
genomic: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagctttt ... tttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGA
EST: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAG CCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGA
genomic: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagctttt ... tttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGA
acatgataacaaagttgttttttggttcacatttttctcattacttttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCG
tgataac putative branch site (score: 2)
ttcacatttttctcat putative PPT
atttttctcattactt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttgagtggttcaaacaaattgtttttgctagtgagtgggtaattaacatgataacaaagttgttttttggttcacatttttctcattacttttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCG
- - - - - -aaacaaa
- - - - - - - - - - - ttttgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -taacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttgttt