Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttgtttgctgcacttgatttttttatatggtaattttagtaagttaaggacaactaactgactaactgagtaactgcgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G057251_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|166655401|gb|EG113788.1|EG113788
EST:     AAAACTATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
genomic: AAAAC-ATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|78082805|gb|DV511198.1|DV511198
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAAATGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGG
EST: gi|74237329|gb|DT645243.1|DT645243
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|60400857|gb|DN233664.1|DN233664
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|71770367|gb|DR968304.1|DR968304
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAGG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|76936954|gb|DV174978.1|DV174978
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAAATGGACAGACAAGTCCCTCT
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCT
EST: gi|60338253|gb|DN205226.1|DN205226
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|78076770|gb|DV505204.1|DV505204
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATTTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTTTGATGGACGAAATGGATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|76018601|gb|DT945771.1|DT945771
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGAATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|78074902|gb|DV503336.1|DV503336
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|91869751|gb|EB400522.1|EB400522
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|78076771|gb|DV505205.1|DV505205
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|60397948|gb|DN230764.1|DN230764
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|149088922|gb|EE178063.2|EE178063
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATG
EST: gi|211444699|gb|FL108662.1|FL108662
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|60400044|gb|DN232851.1|DN232851
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|74237328|gb|DT645242.1|DT645242
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|71299507|gb|DR785763.1|DR785763
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|76018600|gb|DT945770.1|DT945770
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|211515335|gb|FL131678.1|FL131678
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGNNAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCC
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCC
EST: gi|78082804|gb|DV511197.1|DV511197
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|166456880|gb|EG265314.1|EG265314
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTG-AAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGG
EST: gi|67038186|gb|CO464516.1|CO464516
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAA-CATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATGGGA-AGACAA
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAA
EST: gi|32857817|gb|CD997498.1|CD997498
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGCTGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|32830724|gb|CD970402.1|CD970402
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGNAATGGATGAT
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGAT
EST: gi|78086622|gb|DV515015.1|DV515015
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|74235878|gb|DT643792.1|DT643792
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|148932647|gb|EC876561.2|EC876561
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACCAGTCCCTCTGATGGACGAAATGCATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|76281470|gb|DV021038.1|DV021038
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|149015005|gb|EE044748.2|EE044748
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
EST: gi|149070317|gb|EE158717.2|EE158717
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGACAGAC
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGAC
EST: gi|5608427|gb|AI902004.1|AI902004
EST:     TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAACCATGGCATCTGATATGAATGAG                         GAATTGGCCAGCCAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
genomic: TTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 286

GATGAAGGTTTGGACGTTATTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 289

GATGAAGGTTTGGACGTTATTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 276

GATGAAGGTTTGGACGTTATTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 232

GATGAAGGTTTGGACGTTATTGGTGAAGGACTGGAAACTTTGAAAAACATGGCATCTGATATGAATGAGgttgtttgct ... cgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aattttagtaagttaaggacaactaactgactaactgagtaactgcgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG
                                                tcttc  CT-rich tract
        taagttaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttgtttgctgcacttgatttttttatatggtaattttagtaagttaaggacaactaactgactaactgagtaactgcgatcttcagGAATTGGACAGACAAGTCCCTCTGATGGACGAAATGGATGATAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA