Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtctacagaaacactatgagataatttgtttgattttgtcgattgaattgtaatgttcattatctatggtggatgtagtctacagtaatgctaatagattgttcttttgtttgattttgtagattgatttctaatgttcattatctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGATTCAGAAAAGGTGCAAGAACTATGTGATGCTGCTAATGACGAAGTAGATG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G029543_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G029543_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os03g18590.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtttgtctacagaaacactatgagataatttgtttgattttgtcgattgaattgtaatgttcattatctatggtggatgtagtctacagta-atgctaatagattgttcttttg----tttgattttgtagattgatttctaatgttcattatctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGATTCAGAAAAGGTGCAAGAACTATGTGATGCTGCTAATGACGAAGTAGATG
                                                                           |     ||| | || | |   | | | ||   |   |||    |||   |||  | | |||||  | || || ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||  || |||| ||||||||||| || ||||||||||
---------------------------------------------------------------------------gtcactgtccaaagaacaccgtgagatatgtctaccttgagatttttgctttccaaactgattgtttatttttattatctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAGCAGTGCTATGGTCAGTGTGATTGGTCTAGATTCAGAGAAGGTGCAGCAATTATGCGATGCTGCTAACGAGGAAGTAGATG

upper sequence: GRMZM2G029543_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA11G29520.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gtttgtctacagaaacactatgagataatttgtttgattttgtcgattgaattgtaatgttcattatctatggtggatgtagtctacagtaatgctaatagattgttcttttgtttgattttgtagattgatttctaatgttcattatctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGATTCAGAAAAGGTGCAAGAACTATGTGATGCTGCTAATGACGAAGTAGATG
                                                                          | | | | | |   |||       ||| || || | |   || |  || |   |||     |||  |   || | | |  |||||||  |  ||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||| || | |||||||| || ||| | |||||   ||
--------------------------------------------------------------------------gtaagcaatatctggtacctggtctagtttcttgtctcacttcaacttat--cttgggaaataacttctgttctttatccagGATGCCGCCAATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTTAGTGTGATAGGACTGGACTCAGAGAAGGTCCAACAATTGTGTGATGCAGCCAATCAGGAAGTTCCTG

upper sequence: GRMZM2G029543_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA11G29490.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gtttgtctacagaaacactatgagataatttgtttgattttgtcgattgaattgtaatgttcattatctatggtggatgtagtctacagtaatgctaatagattgttcttttgtttgattttgtagattgatttctaatgttcattatctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGATTCAGAAAAGGTGCAAGAACTATGTGATGCTGCTAATGACGAAGTAGATG
                                                                          | | | | | |   |||       ||| || || | |   || |  || |   |||     |||  |   || | | |  |||||||  | |||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||| || | |||||||| || ||| | |||||   ||
--------------------------------------------------------------------------gtaagcaatatctggtacctgatctagtttcttgtctcacttcaacttat--cttgggaaataacttctgttctttatccagGATGCCGCTGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTTAGTGTGATAGGACTGGACTCAGAGAAGGTCCAACAATTGTGTGATGCAGCCAATCAGGAAGTTCCTG

upper sequence: GRMZM2G029543_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv06s0004g07380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
gtttgtctacagaaacactatgagataatttgtttgattttgtcgattgaattgtaatgttcattatctatggtggatgtagtctacagtaatgctaatagattgttcttttgtttgattttgtagattgatttcta-atgttcattatctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGATTCAGAAAAGGTGCAAGAACTATGTGATGCTGCTAATGACGAAGTAGATG
                                                         |   ||| |  |||     |  | |  ||   ||||  | |   |    ||  ||         ||||  |  |||||||  ||    | |||     |||||||| | |||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| || |||    | |||||||| || ||||| ||||| ||||
--------------------------------------------------------gtac-catcagttattaccta-atgggttatcttaattttgaaccaagaatccctt---------tgtaactatatttctatgtggctgtcatc-----agGATGCTGCCGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTCAGTGTCATTGGACTAGATTCAGAAAAAGTCCAACTGTTGTGTGATGCAGCCAATGAAGAAGTTGATG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149107016|gb|EE188912.2|EE188912
EST:     CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAG                         GATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGAT
genomic: CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAGgtttgtctac ... atctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGAT
EST: gi|50325147|gb|CO520273.1|CO520273
EST:     CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAG                         GATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTG
genomic: CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAGgtttgtctac ... atctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTG
EST: gi|148981115|gb|EE027433.2|EE027433
EST:     CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAG                         GATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGAT
genomic: CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAGgtttgtctac ... atctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGAT
EST: gi|50332728|gb|CO527854.1|CO527854
EST:     CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAG                         GATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGAT
genomic: CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAGgtttgtctac ... atctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGAT
EST: gi|50327094|gb|CO522220.1|CO522220
EST:     CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAG                         GATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGT
genomic: CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAGgtttgtctac ... atctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGT
EST: gi|31405538|gb|CD484270.1|CD484270
EST:     CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAG                         GATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGAT
genomic: CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAGgtttgtctac ... atctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGAT
EST: gi|60341510|gb|DN208483.1|DN208483
EST:     AGGAGAAGCTATGCAG                         GATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGAT
genomic: AGGAGAAGCTATGCAGgtttgtctac ... atctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGAT
EST: gi|149084595|gb|EE174069.2|EE174069
EST:     CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAG                         GATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGAT
genomic: CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAGgtttgtctac ... atctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGAT
EST: gi|211360756|gb|FL283167.1|FL283167
EST:     CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAACCTAATAGGAGAAGCTATGCAG                         GATGCTTCAGATG
genomic: CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAGgtttgtctac ... atctgtgtagGATGCTTCAGATG
EST: gi|149073767|gb|EE162081.2|EE162081
EST:     CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAG                         GATGCTTCAGATGCT
genomic: CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAGgtttgtctac ... atctgtgtagGATGCTTCAGATGCT
EST: gi|149042020|gb|EE046994.2|EE046994
EST:     CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAG                         GATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGAT
genomic: CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAGgtttgtctac ... atctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGAT
EST: gi|149110774|gb|EE190602.2|EE190602
EST:     CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAG                         GATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGAT
genomic: CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAGgtttgtctac ... atctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGAT
EST: gi|149081210|gb|EE170319.2|EE170319
EST:     CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAG                         GATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGAT
genomic: CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAGgtttgtctac ... atctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGAT
EST: gi|67016630|gb|CO445379.1|CO445379
EST:     CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAG                         GATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGAT
genomic: CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAGgtttgtctac ... atctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 101

CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAGgtttgtctac ... atctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGATTCAGAAAAGGTGCAAGAACTATGTGATGCTGCTAATGACGAAGTAGATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 223

CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAGgtttgtctac ... atctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGATTCAGAAAAGGTGCAAGAACTATGTGATGCTGCTAATGACGAAGTAGATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 85

CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAGgtttgtctac ... atctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGATTCAGAAAAGGTGCAAGAACTATGTGATGCTGCTAATGACGAAGTAGATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 204

CTTTGAGGATGGACTGAAGCTTGTCAAGCTAAGAGGAGAAGCTATGCAGgtttgtctac ... atctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGATTCAGAAAAGGTGCAAGAACTATGTGATGCTGCTAATGACGAAGTAGATG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attgttcttttgtttgattttgtagattgatttctaatgttcattatctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGATTCAGAAAAGGTGCAAGAACTATGTGATGCTGCTAATGACGAAGTAGATG
                               ttctaat  putative branch site (score: 204)
       ttttgtttgatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgtctacagaaacactatgagataatttgtttgattttgtcgattgaattgtaatgttcattatctatggtggatgtagtctacagtaatgctaatagattgttcttttgtttgattttgtagattgatttctaatgttcattatctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGATTCAGAAAAGGTGCAAGAACTATGTGATGCTGCTAATGACGAAGTAGATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT