1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...tatgcccattaagtgagcaaccatgcatatgcatttaactatttctaaccaaaaaatgtttattcaaatatcaaggtttgccttgccttttttattttagGGGTGGCCGTGGTGGTGGGTACAAAGAGCTTGATGAAGAAGAACTAGAGGAAGTTAAAAAACGTCGGAAAGAGGCTGAGGAG
species | Zea mays |
transcript | AC233865.1_FGT006 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACCAATGAAGGTGGTGTGAG GGGTGGCCGTGGTGGTGGGTACAAAGAGCTTGATGAAGAAGAACTAGAGGAEST: gi|148971574|gb|EE022288.2|EE022288
genomic: ACCAATGAAGGTGGTGTGAGgtaagtacaa ... tttattttagGGGTGGCCGTGGTGGTGGGTACAAAGAGCTTGATGAAGAAGAACTAGAGGA
EST: TGTAATATATGTAACACCTCCAAGCCTGGTACCAATGAAGGTGGTGTGAG GGGTGGCCGTGGTGGTGGGTACAAAGAGCTTGATGAAGAAGAACTAGAGGA
genomic: TGTAATATATGTAACACCTCCAAGCCTGGTACCAATGAAGGTGGTGTGAGgtaagtacaa ... tttattttagGGGTGGCCGTGGTGGTGGGTACAAAGAGCTTGATGAAGAAGAACTAGAGGA
taaccaaaaaatgtttattcaaatatcaaggtttgccttgccttttttattttagGGGTGGCCGTGGTGGTGGGTACAAAGAGCTTGATGAAGAAGAACTAGAGGAAGTTAAAAAACGTCGGAAAGAGGCTGAGGAG
ttctaac putative branch site (score: 8)
tttgccttgccttttt putative PPT
aaaaaatgtttattca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatgcccattaagtgagcaaccatgcatatgcatttaactatttctaaccaaaaaatgtttattcaaatatcaaggtttgccttgccttttttattttagGGGTGGCCGTGGTGGTGGGTACAAAGAGCTTGATGAAGAAGAACTAGAGGAAGTTAAAAAACGTCGGAAAGAGGCTGAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
tatgccc
- - - - - - - - - - ccatgca
- - - - - - - - - - - - - - atgcatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaat