1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaagctcaatttaactgcccgtcagatgtatttcaggatcttagtcctattggcttcctcttttaaaattgtttgcttatctcctttagGAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGCTTCCGCTGCTTATGAGAAATGTTGAACGCAACAGATCTTGGATTTCGCA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G471805_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATTGAATTAGGAGCTGGCTGTGGCCTGGCTGGGTTCG GAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGCEST: gi|60395803|gb|DN228673.1|DN228673
genomic: GATTGAATTAGGAGCTGGCTGTGGCCTGGCTGGGTTCGgtaagctcaa ... tctcctttagGAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGC
EST: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTAGGAGCTGGCTGTGGCCTGGCTGGGTTCG GAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGCEST: gi|211167619|gb|FL375013.1|FL375013
genomic: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTAGGAGCTGGCTGTGGCCTGGCTGGGTTCGgtaagctcaa ... tctcctttagGAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGC
EST: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTAGGAGCTGGCTGTGGCCTGGCTGGGTTCG GAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGCEST: gi|211178303|gb|FL423187.1|FL423187
genomic: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTAGGAGCTGGCTGTGGCCTGGCTGGGTTCGgtaagctcaa ... tctcctttagGAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGC
EST: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTAGGAGCTGGCTGTGGCCTGGCTGGGTTCG GAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGCEST: gi|211209107|gb|FL370009.1|FL370009
genomic: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTAGGAGCTGGCTGTGGCCTGGCTGGGTTCGgtaagctcaa ... tctcctttagGAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGC
EST: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTAGGAGCTGGCTGTGGCCTGGCTGGGTTCG GAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGCEST: gi|211341427|gb|FL403611.1|FL403611
genomic: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTAGGAGCTGGCTGTGGCCTGGCTGGGTTCGgtaagctcaa ... tctcctttagGAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGC
EST: GATTGAATTAGGAGCTGGCTGTGGCCTGGCTGGGTTCG GAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGCEST: gi|211219619|gb|FL402178.1|FL402178
genomic: GATTGAATTAGGAGCTGGCTGTGGCCTGGCTGGGTTCGgtaagctcaa ... tctcctttagGAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGC
EST: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTAGGAGCTGGCTGTGGCCTGGCTGGGTTCG GAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGCEST: gi|211442064|gb|FL421101.1|FL421101
genomic: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTAGGAGCTGGCTGTGGCCTGGCTGGGTTCGgtaagctcaa ... tctcctttagGAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGC
EST: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTAGGAGCTGGCTGTGGCCTGGCTGGGTTCG GAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGCEST: gi|20301099|gb|BQ164042.1|BQ164042
genomic: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTAGGAGCTGGCTGTGGCCTGGCTGGGTTCGgtaagctcaa ... tctcctttagGAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGC
EST: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTAGGAGCTGGCTGTGGCCTGGCTGGGTTCG GAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGC
genomic: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTAGGAGCTGGCTGTGGCCTGGCTGGGTTCGgtaagctcaa ... tctcctttagGAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGC
aggatcttagtcctattggcttcctcttttaaaattgtttgcttatctcctttagGAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGCTTCCGCTGCTTATGAGAAATGTTGAACGCAACAGATCTTGGATTTCGCA
tttgcttatctccttt CT-rich tract
tcttttaaaattgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagctcaatttaactgcccgtcagatgtatttcaggatcttagtcctattggcttcctcttttaaaattgtttgcttatctcctttagGAATGACCTTGTTGGGTTGTGATGTTACAACAACTGACCAAGTCGAGGTGCTTCCGCTGCTTATGAGAAATGTTGAACGCAACAGATCTTGGATTTCGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT