Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtacatacatacactttctttatggtgtccttaacaaaaatctttgttatctaagtgatctgaaatgcccatctgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTTTGGGATCTTGGTGGGCAGCGGAGATTCCGCACTATGTGGGAGCGCTATT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G171060_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G171060_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os02g49980.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtatgtacatacatacactttctttatggtgtccttaacaaaaatctttgttatctaagtgatctg------aaatgcccatctgcgaaa--cagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTTTGGGATCTTGGTGGGCAGCGGAGATTCCGCACTATGTGGGAGCGCTATT
|||||||||||      |||  |   |  |    |  | |   |   ||| ||||||| ||| |||      |  || |||| | |  ||  |||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||
gtatgtacatatcactgcttcttaagtcttaatttgtagaggtagtattgctatctaattgacctgacttatacttgtccatattctgaaaccagGTAGGATTTAATATGCGAAAAGTCACAAAGGGGAATGTTACGATTAAACTTTGGGATCTTGGAGGGCAACGGAGATTCCGGACCATGTGGGAGCGCTATT

upper sequence: GRMZM2G171060_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA14G39540.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtatgtacatacatacactttct--------------ttatggtgtccttaacaa------aaatctttgttatc-taagtgatctgaaatgcccatctgcgaa-acagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTTTGGGATCTTGGTGGGCAGCGGAGATTCCGCACTATGTGGGAGCGCTATT
|| ||||  ||  |   |||| |              || | |  |  || |  |        || ||||   |  ||| |||  |  ||| |         ||  ||||| || ||||| ||| | ||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||| |||| |||||  | ||||||||||| || |
gtgtgtatctagctttgctttttgattgaatcttgaattgttgcatatttgatgattgtgagcatgtttgcctttgtaattgaaatataattcttggtgttaaacgcagGTTGGGTTCAACATGAGAAAAGTGACTAAGGGAAATGTCACAATAAAGCTTTGGGACCTTGGGGGACAGAGGAGGTTCCGGTCAATGTGGGAGCGATACT

upper sequence: GRMZM2G171060_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA02G41170.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtatgtacatacatacactttctttatggtgtccttaacaa--aaatctttg----------------ttatctaagtgatctgaaatgcccatct----gcgaaac--agGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTTTGGGATCTTGGTGGGCAGCGGAGATTCCGCACTATGTGGGAGCGCTATT
|| ||||  ||  |   |||| || || |  || | ||     | || ||||                ||  ||  || || ||||||     |||    |  ||||  |||| || ||||| ||| | ||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||| |||| |||||  | ||||||||||| || |
gtgtgtatctatctttgcttt-ttgattgcatcttgaatggttacatgtttgaagattgtgagcatgtttgcctttgtaat-tgaaatataattcttggtgttaaacccagGTTGGTTTCAACATGAGAAAAGTGACTAAGGGAAATGTCACAATAAAGCTTTGGGACCTTGGGGGACAGAGGAGGTTCCGATCAATGTGGGAGCGATACT

upper sequence: GRMZM2G171060_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv14s0006g01090.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtatgtacatacatacactttctttatggtgtccttaacaaa-aatctttgttatctaagtg----atctgaaatgccca--tctgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTTTGGGATCTTGGTGGGCAGCGGAGATTCCGCACTATGTGGGAGCGCTATT
||| |||  |  || |    |     ||   | |  |    |  ||| ||  |   ||  |     ||| |  || |     ||||  |||||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |  || ||| ||||||| || || ||||| | ||| || || || ||||||||||| || |
gtaggtatctttatccggggttaaattgaatttcacattgtatgatccttagttcttagatatcttatcagggattcttggctctgacaaacagGTGGGTTTCAATATGCGAAAAGTTACAAAGGGAAATGTAATAATAAAGGTTTGGGACCTGGGAGGGCAACAGAGGTTTCGTACCATGTGGGAGCGTTACT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211076135|gb|FL255305.1|FL255305
EST:     ACAGGTGGCTACAGCGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAGGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|211078875|gb|FL255314.1|FL255314
EST:     ACAGGTGGCTACAGCGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAGGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|211076132|gb|FL255302.1|FL255302
EST:     ACAGGTGGCTACAGCGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAGGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|76286949|gb|DV026517.1|DV026517
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|211076136|gb|FL255306.1|FL255306
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|211076137|gb|FL255307.1|FL255307
EST:     ACAGGTGGCTACAGCGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAGGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|211076142|gb|FL255312.1|FL255312
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGBCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|34391306|gb|CF384534.1|CF384534
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|211078883|gb|FL255322.1|FL255322
EST:     ACAGGTGGCTACAGCGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAGGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|211076141|gb|FL255311.1|FL255311
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|211076129|gb|FL255299.1|FL255299
EST:     ACAGGTGGCTACAGCGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAGGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|76286861|gb|DV026429.1|DV026429
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|28566462|gb|CB278110.1|CB278110
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|149077255|gb|EE165928.2|EE165928
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|211076140|gb|FL255310.1|FL255310
EST:     ACAGGTGGCTACAGCGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAGGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|211078880|gb|FL255319.1|FL255319
EST:     ACAGGTGGCTACAGCGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAGGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|40287223|gb|CK327615.1|CK327615
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|78086343|gb|DV514736.1|DV514736
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|78113799|gb|DV532188.1|DV532188
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|211078879|gb|FL255318.1|FL255318
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|211078882|gb|FL255321.1|FL255321
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|78086342|gb|DV514735.1|DV514735
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|148953854|gb|EC899230.2|EC899230
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|78113800|gb|DV532189.1|DV532189
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|85152988|gb|DW587926.1|DW587926
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|211076139|gb|FL255309.1|FL255309
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|110945770|gb|EE165927.1|EE165927
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|211078874|gb|FL255313.1|FL255313
EST:     ACAGGTGGCTACAGCGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAGGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|89760881|gb|DY689115.1|DY689115
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|38229789|gb|CF920102.1|CF920102
EST:     ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
EST: gi|211076133|gb|FL255303.1|FL255303
EST:     ACAGGTGGCTACAGCGAGGACATGATTCCAACG                         GTAGGCTTCAATATGCGGAAGGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT
genomic: ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACGgtatgtacat ... tgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccttaacaaaaatctttgttatctaagtgatctgaaatgcccatctgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTTTGGGATCTTGGTGGGCAGCGGAGATTCCGCACTATGTGGGAGCGCTATT
 ccttaac  putative branch site (score: 3)
                                       cccatct  putative PPT
       aaaaatctttgttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtacatacatacactttctttatggtgtccttaacaaaaatctttgttatctaagtgatctgaaatgcccatctgcgaaacagGTAGGCTTCAATATGCGGAAAGTCACCAAGGGAAATGTCACGATTAAGCTTTGGGATCTTGGTGGGCAGCGGAGATTCCGCACTATGTGGGAGCGCTATT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT