1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...ggaattttgaacatagccgatgatcaaaattggttattttaatctgcggcggtcatacatatcaatgctaaccttgttttttgttctcaaactctctcagATAATTCATAAAGAAGCATATGTTGGACAATCTAAAGTGAAGTCAGCAGCTGATGCTTGCCGTGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G157836_T05 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGGCATTGTGGATGGTGATGATGTTGAATTGAATAATCTTCATCGACAG ATAATTCATAAAGAAGCATATGTTGGACAATCTAAAGTGAAGTCAGCAGCTEST: gi|71445496|gb|DR826546.1|DR826546
genomic: TGGGCATTGTGGATGGTGATGATGTTGAATTGAATAATCTTCATCGACAGgtgaaatagc ... actctctcagATAATTCATAAAGAAGCATATGTTGGACAATCTAAAGTGAAGTCAGCAGCT
EST: TGGGCATTGTGGATGGTGATGATGTTGAATTGAATAATCTTCATCGACAG ATAATTCATAAAGAAGCATATGTTGGACAATCTAAAGTGAAGTCAGCAGCT
genomic: TGGGCATTGTGGATGGTGATGATGTTGAATTGAATAATCTTCATCGACAGgtgaaatagc ... actctctcagATAATTCATAAAGAAGCATATGTTGGACAATCTAAAGTGAAGTCAGCAGCT
gcggcggtcatacatatcaatgctaaccttgttttttgttctcaaactctctcagATAATTCATAAAGAAGCATATGTTGGACAATCTAAAGTGAAGTCAGCAGCTGATGCTTGCCGTGA
tgctaac putative branch site (score: 1)
ctctctc putative PPT
ttgtttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggaattttgaacatagccgatgatcaaaattggttattttaatctgcggcggtcatacatatcaatgctaaccttgttttttgttctcaaactctctcagATAATTCATAAAGAAGCATATGTTGGACAATCTAAAGTGAAGTCAGCAGCTGATGCTTGCCGTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - gaacata
- - - - - - - -gccgatg
- - - - - - - - - - - atcaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgcggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgctaa