1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...aacgcacaggagagctgtgcatcattaaattaatccttttaagttttcaatgtaacttcattgacttatgtctgatgatagcaaatttttcatgttgcagGCCCTGGTGCATACGGTATAACAGCTGTTGTTATTGGAGGAGCTATTGGCTATTTATTCATAAGATGGAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G147587_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTTGTCTAAATCAAATCATGTTTCCATTGTCACTGTTGATGGTAGACCTG GCCCTGGTGCATACGGTATAACAGCTGTTGTTATTGGAGGAGCTATTGGCTEST: gi|71429464|gb|DR810514.1|DR810514
genomic: GTTGTCTAAATCAAATCATGTTTCCATTGTCACTGTTGATGGTAGACCTGgttagtgctt ... catgttgcagGCCCTGGTGCATACGGTATAACAGCTGTTGTTATTGGAGGAGCTATTGGCT
EST: GTTGTCTAAATCAAATCATGTTTCCATTGTCACTGTTGATGGTAGACCTG GCCCTGGTGCATACGGTATAACAGCTGTTGTTATTGGAGGAGCTATTGGCTEST: gi|32931585|gb|CF036397.1|CF036397
genomic: GTTGTCTAAATCAAATCATGTTTCCATTGTCACTGTTGATGGTAGACCTGgttagtgctt ... catgttgcagGCCCTGGTGCATACGGTATAACAGCTGTTGTTATTGGAGGAGCTATTGGCT
EST: GTTGTCTAAATCAAATCATGTTTCCATTGTCACTGTTGATGGTAGACCTG GCCCTGGTGCATACGGTATAACAGCTGTTGTTATTGGAGGAGCTATTGGCT
genomic: GTTGTCTAAATCAAATCATGTTTCCATTGTCACTGTTGATGGTAGACCTGgttagtgctt ... catgttgcagGCCCTGGTGCATACGGTATAACAGCTGTTGTTATTGGAGGAGCTATTGGCT
ttcaatgtaacttcattgacttatgtctgatgatagcaaatttttcatgttgcagGCCCTGGTGCATACGGTATAACAGCTGTTGTTATTGGAGGAGCTATTGGCTATTTATTCATAAGATGGAAG
tttttcat CT-rich tract
aaatttttcatgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aacgcacaggagagctgtgcatcattaaattaatccttttaagttttcaatgtaacttcattgacttatgtctgatgatagcaaatttttcatgttgcagGCCCTGGTGCATACGGTATAACAGCTGTTGTTATTGGAGGAGCTATTGGCTATTTATTCATAAGATGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- -gcacagg
- - - - - - - - gtgcatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgat