1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ggtttctattccagtttttcttttaacagtttaggtttgattctgcattgtttgaatggtttattagctttgttactgaaatctttatgaatgtccacagGTTGCTTCTGTTATGACTGTATGGAGCAAGCTTCAACCAGAGTATGCTGCTAATATGTGGAAAGAAGCCCTTAACAAACGGCTTGGAACTAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G139374_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGATTGATACCATCAGTGATAATTATCCGCCACCATTAGATGCTCATGTG GTTGCTTCTGTTATGACTGTATGGAGCAAGCTTCAACCAGAGTATGCTGCTEST: gi|71311669|gb|DR792242.1|DR792242
genomic: GGATTGATACCATCAGTGATAATTATCCACCACCATTAGATGCTCATGTGgtatgattct ... atgtccacagGTTGCTTCTGTTATGACTGTATGGAGCAAGCTTCAACCAGAGTATGCTGCT
EST: GTGATAATTATCC-CCACCCATTAGATGCTCATGTG GTTGCTTCTGTTATGACTGTATGGAGCAAGCTTCAACCAGAGTATGCTGCTEST: gi|211364276|gb|FL199173.1|FL199173
genomic: GTGATAATTATCCACCA-CCATTAGATGCTCATGTGgtatgattct ... atgtccacagGTTGCTTCTGTTATGACTGTATGGAGCAAGCTTCAACCAGAGTATGCTGCT
EST: GGATTGATACCATCAGTGATAATTATCCACCACCATTAGATGCTCATGTG GTTGCTTCTGTTATGACTGTATGGAGCAAGCTTCAACCAGAGTATGCTGCT
genomic: GGATTGATACCATCAGTGATAATTATCCACCACCATTAGATGCTCATGTGgtatgattct ... atgtccacagGTTGCTTCTGTTATGACTGTATGGAGCAAGCTTCAACCAGAGTATGCTGCT
cattgtttgaatggtttattagctttgttactgaaatctttatgaatgtccacagGTTGCTTCTGTTATGACTGTATGGAGCAAGCTTCAACCAGAGTATGCTGCTAATATGTGGAAAGAAGCCCTTAACAAACGGCTTGGAACTAAG
aaatctttatgaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggtttctattccagtttttcttttaacagtttaggtttgattctgcattgtttgaatggtttattagctttgttactgaaatctttatgaatgtccacagGTTGCTTCTGTTATGACTGTATGGAGCAAGCTTCAACCAGAGTATGCTGCTAATATGTGGAAAGAAGCCCTTAACAAACGGCTTGGAACTAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgcatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgaatg