1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tttgcatgcgtcaatctatgcaagattttgctggcaacttgtgcagtttttgcatttttataatttttccttattctatgttccttgttccatactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTCAAGAGTCCCCTGAAGCTTACACGCCAGCCATAATAGCCCAA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G116087_T03 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|78125597|gb|DV543981.1|DV543981
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|78089259|gb|DV517633.1|DV517633
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|149086679|gb|EE176219.2|EE176219
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|148961522|gb|EE012274.2|EE012274
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: TGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACCTCCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTEST: gi|149086680|gb|EE176220.2|EE176220
genomic: TGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTT-GTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCAC-TC-TCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTT
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|148938252|gb|EC882544.2|EC882544
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAEST: gi|78111571|gb|DV529968.1|DV529968
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAA
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|149029771|gb|EE286265.2|EE286265
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|149029769|gb|EE154771.2|EE154771
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|211039898|gb|FK958023.1|FK958023
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|71762890|gb|DR960827.1|DR960827
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|149033875|gb|EE155016.2|EE155016
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|60356414|gb|DN223387.1|DN223387
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|148952137|gb|EC897931.2|EC897931
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|148973538|gb|EE024639.2|EE024639
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|31352097|gb|CD436454.1|CD436454
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: GATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|211304785|gb|FL143334.1|FL143334
genomic: GATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|71448582|gb|DR829632.1|DR829632
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: GTGATGGTAATGCTGGATTCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|78089260|gb|DV517634.1|DV517634
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|149088482|gb|EE177591.2|EE177591
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|148966792|gb|EE017885.2|EE017885
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCCG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|94479717|gb|EB708675.1|EB708675
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTEST: gi|149033876|gb|EE155017.2|EE155017
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTT
EST: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAG GCACTCTCCAAAAG
genomic: GTGATGGTAATGCTGGATCCAATGCTCTTTGTGACACAACCTGCTTGCAGgtacagctga ... catactccagGCACTCTCCAAAAG
gtttttgcatttttataatttttccttattctatgttccttgttccatactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTCAAGAGTCCCCTGAAGCTTACACGCCAGCCATAATAGCCCAA
tttttccttattctat CT-rich tract
atttttataatttttc TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttgcatgcgtcaatctatgcaagattttgctggcaacttgtgcagtttttgcatttttataatttttccttattctatgttccttgttccatactccagGCACTCTCCAAAAGGATCCACTATGGGAAGTTTGTGGCAGAGGCCAAGTTTCAAGAGTCCCCTGAAGCTTACACGCCAGCCATAATAGCCCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC