Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatatattatttagcatttgctgatcaaaggcgaggaattatatgttgtgtcatgtaacccttgtgcaccatgtgttgactttgtttcattcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G107654_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G107654_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os12g07740.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
--tatatattatttagcatttgctgatcaaaggcgaggaattatatgttgtgtcatgtaacccttgtgcaccatgtgttgacttt-gtttcat-tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC
   ||  |    |||| |||   || |     | || |   | |||    | |  |||  | ||||| |||  | |||||||||| ||||| | | | || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| 
gccattcacctcttaggatt-attgctttggtgtgaagctct-tatacaatat-gtgtg-ctcttgttcactctttgttgactttagtttcctattacataaagGGCTTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCACTGTGATGTGCCTGGGTTTGAAAACACTAGGATGAAGCTACTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGT

upper sequence: GRMZM2G107654_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os12g41400.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
tatatattatttagcatttgctgatcaaaggcgaggaattatatgttgtgt-----catgtaacccttgtgcaccatgtgttgactttgtttcat-tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC
     ||||| |  ||||  |  |   | | |      ||  ||||   |      ||||| | |  ||  ||| || |||||||||| |||| | | | || |||||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| 
----aattatctgccattcacctacttaggactgctgctttgatgtcaagctaatgcatgtgagctctg--cactatatgttgactttttttcctgttatataaagGGCTTATGGAAGTGGAAAAGAAGATAGCCCTCACTGTGATGTGCCTGGGTTTGAAAACACTAGGATGAAGCTACTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGT

upper sequence: GRMZM2G107654_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA15G40750.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
tatatattatttagcatttgctgatcaaaggcgaggaattat-atgttgtgtcatgtaacccttgtgcaccatgtgttgactttgtttcattcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC
             |    |  | ||   |     |  ||||| || |    | || | | | ||  |    | ||| | | ||| ||||       |  ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||  |  |||||| | |||||||||||||| ||||| ||||| 
-------------gtgggtatttattttacatttgccattatgatatcagattatcttaacttttggtg--aggtgatcaatttttttc-------tacagGGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGATGTGCCAGGATTTGAAAACAGCAAGATGAAATTGCTGAGACATGTTTCATTTGTGGATTGT

upper sequence: GRMZM2G107654_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv10s0042g01220.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
tatatattatttagcatttgctgatcaaaggcgaggaattatatgt-tgtgtcatgtaacccttgtgcaccatgt-gttgactttgtttcattcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC
      |    |    | |  |    | |       |  ||||| | | | |||||| | | |   ||      | |||   ||      |||  | |  |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||   || |||||  | ||  ||||||| || ||||| ||||||
-----gtagggtgatgtctaatatatatatatatatatatatatctgtttttcatgttaacttcaggcttttcattgttatattcaaaatatt--attgcagGGCCTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTCTCTGTGATGTGCCTGGGTTTGAAAACTGCAGGATGAAGTTGCTACGACATGTGTCCTTTGTAGATTGC

upper sequence: GRMZM2G107654_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv13s0074g00310.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
tatatattatttagcatttgctgatcaaaggcgaggaattatatgttgtgtc-atgtaacccttgtgcaccatgtgttgactttgtttcattcaaatta-------agGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC
                            |||     | |||  || |   || || |    | |      || || ||  | |||||  ||||||| |        |||||||||||||| ||||| |||||||| || || |||||||||||||| |||||||||   || |||||  | ||| ||||||| |||||||| ||||||
--------------------------gtaggttgatatttaattgatacatctattttttacattaatttca-gtcttttcattgttatattcaaaatgttgttgcagGGCCTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCACTCTGTGATGTGCCTGGTTTTGAAAACTGCAGGATGAAGTTGCTGCGACATGTATCTTTTGTAGATTGC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22542185|gb|BU092623.1|BU092623
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|31405821|gb|CD484553.1|CD484553
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|60351762|gb|DN218735.1|DN218735
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|211411945|gb|FL334071.1|FL334071
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|211112191|gb|FL307977.1|FL307977
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|211512791|gb|FL351608.1|FL351608
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|32906939|gb|CF011752.1|CF011752
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTATAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|22491498|gb|BU051421.1|BU051421
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTATAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|19272597|gb|BM888853.1|BM888853
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTATAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|22473004|gb|BU037484.1|BU037484
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|211525835|gb|FL338603.1|FL338603
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATWGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|211255911|gb|FL358702.1|FL358702
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|91876669|gb|EB406626.1|EB406626
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|78103988|gb|DV522406.1|DV522406
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|5268487|gb|AI770451.1|AI770451
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|32930144|gb|CF034956.1|CF034956
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTATAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGCTGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|22473323|gb|BU037803.1|BU037803
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|211264782|gb|FL317764.1|FL317764
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAKAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|21390140|gb|BQ528189.1|BQ528189
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|21987148|gb|BQ778676.1|BQ778676
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|32909292|gb|CF014104.1|CF014104
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTATAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|211436136|gb|FL365953.1|FL365953
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGA
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGA
EST: gi|22520926|gb|BU079737.1|BU079737
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|21331715|gb|BQ487096.1|BQ487096
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|60397288|gb|DN230104.1|DN230104
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|87151873|gb|DY396662.1|DY396662
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTATAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|19351461|gb|BM895993.1|BM895993
EST:     CAATGTGCTATAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: CAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|14646048|gb|BI180237.1|BI180237
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|21891495|gb|BQ744708.1|BQ744708
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|211223722|gb|FL287027.1|FL287027
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTRCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGAGTGTGCCTGGAT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGA-TGTGCCTGGAT
EST: gi|22542245|gb|BU092683.1|BU092683
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 369

AGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGTTACGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 240

AGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGTTACGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 250

AGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGTTACGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 245

AGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGTTACGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGACCAATGTGCTACAAgtatgctcat ... tcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtgtcatgtaacccttgtgcaccatgtgttgactttgtttcattcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC
                            tgttgac  putative branch site (score: 245)
                                       tttcattc  putative PPT
                                       tttcattcaaattaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tatatattatttagcatttgctgatcaaaggcgaggaattatatgttgtgtcatgtaacccttgtgcaccatgtgttgactttgtttcattcaaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC

- - - - - - - - - tgctgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgtaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgcacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgttg