Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tctagatgactatggattgacctgatgatcctttgtctatgtagctattacacattttgctgaggtctgatggatggcttatatgatgtgtatgatgcagTGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATGCTCGGGGTGGAATCACGCAATGCTCGGGGTGGAATCACACGCAAGGGCT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G068255_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89248698|gb|DY620484.1|DY620484
EST:     TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATG                         TGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
genomic: TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATGgtaagttcct ... tatgatgcagTGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
EST: gi|211002219|gb|FL464441.1|FL464441
EST:     TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATG                         TGTTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTGTGCAATG
genomic: TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATGgtaagttcct ... tatgatgcagTGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
EST: gi|71320385|gb|DR796941.1|DR796941
EST:     TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATG                         TGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
genomic: TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATGgtaagttcct ... tatgatgcagTGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
EST: gi|18179346|gb|BM380556.1|BM380556
EST:     TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATG                         TGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
genomic: TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATGgtaagttcct ... tatgatgcagTGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
EST: gi|31612073|gb|CD568695.1|CD568695
EST:     TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATG                         TGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
genomic: TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATGgtaagttcct ... tatgatgcagTGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
EST: gi|32859728|gb|CD999409.1|CD999409
EST:     TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATG                         TGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
genomic: TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATGgtaagttcct ... tatgatgcagTGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
EST: gi|74235772|gb|DT643686.1|DT643686
EST:     TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATG                         TGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTTTGCAATG
genomic: TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATGgtaagttcct ... tatgatgcagTGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
EST: gi|74244025|gb|DT651939.1|DT651939
EST:     TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATG                         TGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
genomic: TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATGgtaagttcct ... tatgatgcagTGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
EST: gi|78083193|gb|DV511586.1|DV511586
EST:     TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATG                         TGCTGCCTTGGGATGATGGTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
genomic: TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATGgtaagttcct ... tatgatgcagTGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
EST: gi|111145618|gb|EE257935.1|EE257935
EST:     TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATG                         TGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
genomic: TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATGgtaagttcct ... tatgatgcagTGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
EST: gi|78080540|gb|DV508952.1|DV508952
EST:     TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGGGAATGCCAGCTCATG                         TGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
genomic: TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATGgtaagttcct ... tatgatgcagTGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
EST: gi|60397448|gb|DN230264.1|DN230264
EST:     TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATG                         TGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
genomic: TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATGgtaagttcct ... tatgatgcagTGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
EST: gi|211535630|gb|FL478811.1|FL478811
EST:     TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATG                         TGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG
genomic: TTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATGgtaagttcct ... tatgatgcagTGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 107

AATCATGTCAAGAGGAAGCCTAAAATTCCCAAGAAGACTATTCTTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATGgtaagttcct ... tatgatgcagTGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATGCTCGGGGTGGAATCACGCAATGCTCGGGGTGGAATCACACGCAAGGGCT


Block sizes: 48 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 80

AATCATGTCAAGAGGAAGCCTAAAATTCCCAAGAAGACTATTCTTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATGgtaagttcct ... tatgatgcagTGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATGCTCGGGGTGGAATCACGCAATGCTCGGGGTGGAATCACACGCAAGGGCT


Block sizes: 48 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 92

AATCATGTCAAGAGGAAGCCTAAAATTCCCAAGAAGACTATTCTTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATGgtaagttcct ... tatgatgcagTGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATGCTCGGGGTGGAATCACGCAATGCTCGGGGTGGAATCACACGCAAGGGCT


Block sizes: 48 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 57

AATCATGTCAAGAGGAAGCCTAAAATTCCCAAGAAGACTATTCTTCACAAGTAGAGATACAAAGGCCCTACCGAGGGTGAATGCCAGCTCATGgtaagttcct ... tatgatgcagTGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATGCTCGGGGTGGAATCACGCAATGCTCGGGGTGGAATCACACGCAAGGGCT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattacacattttgctgaggtctgatggatggcttatatgatgtgtatgatgcagTGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATGCTCGGGGTGGAATCACGCAATGCTCGGGGTGGAATCACACGCAAGGGCT
                   gtctgat  putative branch site (score: 57)
                                 ttatatgat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tctagatgactatggattgacctgatgatcctttgtctatgtagctattacacattttgctgaggtctgatggatggcttatatgatgtgtatgatgcagTGCTGCCTTGGGATGATGCTACCTTCTGGAATCTCTTTACTCTCTGCAATGCTCGGGGTGGAATCACGCAATGCTCGGGGTGGAATCACACGCAAGGGCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA