Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagttttattggacagttttgatgttgttcttgtgaccataccgcaaaaagctaattgtttctgttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G064426_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G064426_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os05g38820.5 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gttagt-tttattggacagttttgatgttgttcttgtgaccataccgcaaaaagcta-attgtttctgttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
|||||| | |  | |   |||||    |||||| |||  | | |       ||  || | | ||| | |||||| |||||||| || |||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
gttagtgtctgcttgtttgttttc---ttgttcctgtc-caacaggatgtgaacttacactatttttattctttatagATGGGCCAACAAGCAGCATACAATCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60338423|gb|DN205396.1|DN205396
EST:     AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGG                         ATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
genomic: AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGGgttagtttta ... ttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
EST: gi|31664551|gb|CD573484.1|CD573484
EST:     AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGG                         ATGGGTCAGCAAGGAACATACAAC
genomic: AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGGgttagtttta ... ttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAAC
EST: gi|31664550|gb|CD573483.1|CD573483
EST:     AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGG                         ATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
genomic: AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGGgttagtttta ... ttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
EST: gi|463317|gb|T18284.1|T18284
EST:     AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGG                         ATGGGTCAACAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
genomic: AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGGgttagtttta ... ttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
EST: gi|453328|gb|T15302.1|T15302
EST:     AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGG                         ATGGGTCAACAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
genomic: AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGGgttagtttta ... ttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
EST: gi|71311885|gb|DR792413.1|DR792413
EST:     AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGG                         ATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
genomic: AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGGgttagtttta ... ttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
EST: gi|93017163|gb|EB642683.1|EB642683
EST:     AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGG                         ATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
genomic: AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGGgttagtttta ... ttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
EST: gi|71446912|gb|DR827962.1|DR827962
EST:     AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGG                         ATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
genomic: AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGGgttagtttta ... ttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
EST: gi|60397343|gb|DN230159.1|DN230159
EST:     AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGG                         ATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
genomic: AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGGgttagtttta ... ttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
EST: gi|71311886|gb|DR792414.1|DR792414
EST:     AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGG                         ATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
genomic: AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGGgttagtttta ... ttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
EST: gi|453331|gb|T15305.1|T15305
EST:     AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGG                         ATGGGTCAACAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
genomic: AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGGgttagtttta ... ttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
EST: gi|149102150|gb|EE287580.2|EE287580
EST:     AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGG                         ATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
genomic: AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGGgttagtttta ... ttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
EST: gi|149102149|gb|EE188096.2|EE188096
EST:     AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGG                         ATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
genomic: AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGGgttagtttta ... ttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
EST: gi|60344410|gb|DN211383.1|DN211383
EST:     AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGG                         ATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
genomic: AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGGgttagtttta ... ttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
EST: gi|71315806|gb|DR794556.1|DR794556
EST:     AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGG                         ATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
genomic: AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGGgttagtttta ... ttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
EST: gi|149107729|gb|EE189603.2|EE189603
EST:     AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGG                         ATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
genomic: AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGGgttagtttta ... ttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
EST: gi|71315807|gb|DR794557.1|DR794557
EST:     AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGG                         ATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
genomic: AAAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGTACAAGGGgttagtttta ... ttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
EST: gi|76930838|gb|DV172525.1|DV172525
EST:     AAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAACT-TGACAAGGG                         ATGGGTCAGCAAGG
genomic: AAAGGATGCCCTTGGTCATGTGGGAGCAAGTAGCTCAGCTGT-ACAAGGGgttagtttta ... ttctttttagATGGGTCAGCAAGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgatgttgttcttgtgaccataccgcaaaaagctaattgtttctgttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG
                              agctaat  putative branch site (score: 3)
                                    ttgtttctgttctttt  CT-rich tract
                                 taattgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttagttttattggacagttttgatgttgttcttgtgaccataccgcaaaaagctaattgtttctgttctttttagATGGGTCAGCAAGGAACATACAACCAAGGAATGGGTTATATGCAACCTCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA