Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgctccagttgtcttattgtgctctttatacctaatataccattacatgacactacctgtctatgcttgactatcatcagGGACTTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCAGATTCCAAGTACAAGTGGTCCTGTGGACTGGCGCGAAGCTCTCGAGATA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G068755_T03
intron # 39
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32809872|gb|CD962106.1|CD962106
EST:     CAAAGCGGAGAAGTAGTGTCCCGTCCAGTGGCTGGATCAATGATCTCAAG                         GGACTTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
genomic: CAAAGCGGAGAAGTAGTGTCCCGTCCAGTGGCTGGATCAATGATCTCAAGgtgctccagt ... ctatcatcagGGACTTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: gi|211199225|gb|FL044865.1|FL044865
EST:     CAAAGCGGAGAAGTAGTGTCCCGTCCAGTGGCTGGATCAATGATCTCAAG                         GGACTTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
genomic: CAAAGCGGAGAAGTAGTGTCCCGTCCAGTGGCTGGATCAATGATCTCAAGgtgctccagt ... ctatcatcagGGACTTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: gi|211104810|gb|FL044863.1|FL044863
EST:     CAAAGCGGAGAAGTAGTGTCCCGTCCAGTGGCTGGATCAATGATCTCAAG                         GGACTTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
genomic: CAAAGCGGAGAAGTAGTGTCCCGTCCAGTGGCTGGATCAATGATCTCAAGgtgctccagt ... ctatcatcagGGACTTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: gi|211199226|gb|FL044866.1|FL044866
EST:     CAAAGCGGAGAAGTAGTGTCCCGTCCAGTGGCTGGATCAATGATCTCAAG                         GGACTTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
genomic: CAAAGCGGAGAAGTAGTGTCCCGTCCAGTGGCTGGATCAATGATCTCAAGgtgctccagt ... ctatcatcagGGACTTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: gi|211104808|gb|FL044861.1|FL044861
EST:     CAAAGCGGAGAAGTAGTGTCCCGTCCAGTGGCTGGATCAATGATCTCAAG                         GGACTTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
genomic: CAAAGCGGAGAAGTAGTGTCCCGTCCAGTGGCTGGATCAATGATCTCAAGgtgctccagt ... ctatcatcagGGACTTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 222

GTCTGATATAGCAGAACAAAGCGGAGAAGTAGTGTCCCGTCCAGTGGCTGGATCAATGATCTCAAGgtgctccagt ... ctatcatcagGGACTTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCAGATTCCAAGTACAAGTGGTCCTGTGGACTGGCGCGAAGCTCTCGAGATA


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 74

GTCTGATATAGCAGAACAAAGCGGAGAAGTAGTGTCCCGTCCAGTGGCTGGATCAATGATCTCAAGgtgctccagt ... ctatcatcagGGACTTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCAGATTCCAAGTACAAGTGGTCCTGTGGACTGGCGCGAAGCTCTCGAGATA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 94

GTCTGATATAGCAGAACAAAGCGGAGAAGTAGTGTCCCGTCCAGTGGCTGGATCAATGATCTCAAGgtgctccagt ... ctatcatcagGGACTTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCAGATTCCAAGTACAAGTGGTCCTGTGGACTGGCGCGAAGCTCTCGAGATA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 217

GTCTGATATAGCAGAACAAAGCGGAGAAGTAGTGTCCCGTCCAGTGGCTGGATCAATGATCTCAAGgtgctccagt ... ctatcatcagGGACTTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCAGATTCCAAGTACAAGTGGTCCTGTGGACTGGCGCGAAGCTCTCGAGATA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatacctaatataccattacatgacactacctgtctatgcttgactatcatcagGGACTTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCAGATTCCAAGTACAAGTGGTCCTGTGGACTGGCGCGAAGCTCTCGAGATA
       taatata  TA-rich tract