1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...atgaaccaatcaaccaaaaccaatggcgaggcaaacaaaggcgaggctttggcttcgaccaatagataatctgatgacgtgctccggcctttttgtgcagCCGGGTGATCCTGCTCGGGGACCTCAACTACAGGATCTCCCTGCCGGAGGCCAAGACGAGGCTGCTGGTGGAGCGCCAGGACTGGAAGACGCTGCTGGAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G876768_T04 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gctttggcttcgaccaatagataatctgatgacgtgctccggcctttttgtgcagCCGGGTGATCCTGCTCGGGGACCTCAACTACAGGATCTCCCTGCCGGAGGCCAAGACGAGGCTGCTGGTGGAGCGCCAGGACTGGAAGACGCTGCTGGAG
atctgat putative branch site (score: 15)
cctttttgt putative PPT
aatagataat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atgaaccaatcaaccaaaaccaatggcgaggcaaacaaaggcgaggctttggcttcgaccaatagataatctgatgacgtgctccggcctttttgtgcagCCGGGTGATCCTGCTCGGGGACCTCAACTACAGGATCTCCCTGCCGGAGGCCAAGACGAGGCTGCTGGTGGAGCGCCAGGACTGGAAGACGCTGCTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA