Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcattactattctcaactgatgttacagactagatgcttttgtcgtaagcgtcctctgttgtattgtagcttgtgcttacaacaagtgaaaataaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGATGGCCTGTGGGATGTCTATAACGATTTCCCGATGGGAATGTGTGCTGAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G860137_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G860137_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g02020.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gttcattactattctcaactgatgttacagactagatgcttttgtcgtaagcgtcctctgttgtattgtagcttgtgcttacaacaagtgaaaataaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGATGGCCTGTGGGATGTCTATAACGATTTCCCGATGGGAATGTGTGCTGAA
|||| |||| || ||||| ||||| |  | | |    ||       |  | | |||  |||| | |  | |||| || | | ||   || || ||   ||||||||| || |||||||| || || || |||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || 
gttcgttaccatcctcaagtgatgctgtaaatttcg-gcgaactaagccatcatccattgttct-tgcttgcttatggt-ataat--gtcaacatgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGATGGGCTGTGGGATGTGTATAATGATTTCCCAATGGGAATGTGTGCCGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149107172|gb|EE189058.2|EE189058
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACCTGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|93281948|gb|EB674212.1|EB674212
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|78180536|gb|DV551029.1|DV551029
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|149110543|gb|EE190473.2|EE190473
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|149087112|gb|EE176651.2|EE176651
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|78087866|gb|DV516259.1|DV516259
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|71426143|gb|DR807193.1|DR807193
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|71439486|gb|DR820536.1|DR820536
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|149084568|gb|EE174037.2|EE174037
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|8577057|gb|BE129694.1|BE129694
EST:     CATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: CATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|20803192|gb|BQ294242.1|BQ294242
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|89248149|gb|DY619935.1|DY619935
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTC
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTC
EST: gi|89248499|gb|DY620285.1|DY620285
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGAATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGG
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGA-TGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGG
EST: gi|37419864|gb|CF647618.1|CF647618
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGG
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGG
EST: gi|149083757|gb|EE173120.2|EE173120
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGAT
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGAT
EST: gi|93016086|gb|EB641606.1|EB641606
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|148945943|gb|EC891236.2|EC891236
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|149008549|gb|EE040725.2|EE040725
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGT
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGT
EST: gi|86475370|gb|DY241740.1|DY241740
EST:     GGTGGCATGAAAAGCATGTCAAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGTATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|148939632|gb|EC884275.2|EC884275
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|12047245|gb|BF729384.1|BF729384
EST:     TGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: TGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|89760643|gb|DY688974.1|DY688974
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|211024306|gb|FL368563.1|FL368563
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGGTCGGACATGATG
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATG
EST: gi|50337630|gb|CO532756.1|CO532756
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|149071725|gb|EE160115.2|EE160115
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|78085615|gb|DV514008.1|DV514008
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|149067527|gb|EE157733.2|EE157733
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|78078473|gb|DV506886.1|DV506886
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|76914731|gb|DV165656.1|DV165656
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|71298333|gb|DR785148.1|DR785148
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCT
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCT
EST: gi|50322372|gb|CO517498.1|CO517498
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|149029957|gb|EE286286.2|EE286286
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agcgtcctctgttgtattgtagcttgtgcttacaacaagtgaaaataaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGATGGCCTGTGGGATGTCTATAACGATTTCCCGATGGGAATGTGTGCTGAA
                          tgcttac  putative branch site (score: 2)
                                    aagtgaaaataaaat  TA-rich tract