1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...atccatttccttcaaattaattttcctcttcatttaagactcattgaaatccgttggtgaaaaatctggtcctgatgtttgaaatcctttgacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAGCAGTAGCTAACATACCATATGGAGGAGCCAAAGGTGGAATTGGATGTA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G178415_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|86466439|gb|DY232809.1|DY232809
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|149082772|gb|EE171995.2|EE171995
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|60354014|gb|DN220987.1|DN220987
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|87152935|gb|DY397724.1|DY397724
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|71766899|gb|DR964836.1|DR964836
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|22935999|gb|BU572274.1|BU572274
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|149072180|gb|EE160421.2|EE160421
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|50325462|gb|CO520588.1|CO520588
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|148940231|gb|EC885000.2|EC885000
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|17921570|gb|BM259221.1|BM259221
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|148931517|gb|EC874558.2|EC874558
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTCGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|20299950|gb|BQ162893.1|BQ162893
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: GGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|78092010|gb|DV520384.1|DV520384
genomic: GGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|78089717|gb|DV518091.1|DV518091
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|91867926|gb|EB399854.1|EB399854
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|149101283|gb|EE187396.2|EE187396
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|22491555|gb|BU051478.1|BU051478
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|87156586|gb|DY401375.1|DY401375
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|149110227|gb|EE190296.2|EE190296
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|19351039|gb|BM895571.1|BM895571
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAEST: gi|26559718|gb|CA831953.1|CA831953
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
gaaatccgttggtgaaaaatctggtcctgatgtttgaaatcctttgacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAGCAGTAGCTAACATACCATATGGAGGAGCCAAAGGTGGAATTGGATGTA
tcctttg CT-rich tract
tgaaaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atccatttccttcaaattaattttcctcttcatttaagactcattgaaatccgttggtgaaaaatctggtcctgatgtttgaaatcctttgacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACAGCAGTAGCTAACATACCATATGGAGGAGCCAAAGGTGGAATTGGATGTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA