1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...agaaacctgcactgcatgtccatgttctcttgaagcctcttttttttaaaagtttatgcttcattaatcaatctgtttgttattcttgatgtatatgcagATTCTTGTGAAAATGTGGTGATAAAAAACTGCTACATTTCTGTTGGTGATGATGGGATAGCCATAAAGAGTGGTTGGGACCAATATGGAATTGCTTATGG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G135763_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATCTTGGCTCCAATTGCTGGAGCTCCAAATACTGATGGGATAGATCCAG ATTCTTGTGAAAATGTGGTGATAAAAAACTGCTACATTTCTGTTGGTGATGEST: gi|31355354|gb|CD439711.1|CD439711
genomic: CATCTTGGCTCCAATTGCTGGAGCTCCAAATACTGATGGGATAGATCCAGgttactccta ... gtatatgcagATTCTTGTGAAAATGTGGTGATAAAAAACTGCTACATTTCTGTTGGTGATG
EST: CATCTTGGCTCCAATTGCTGGAGCTCCAAATACTGATGGGATAGATCCAG ATTCTTGTGAAAATGTGGTGATAAAAAATTGCTACATTTCTGTTGGTGATG
genomic: CATCTTGGCTCCAATTGCTGGAGCTCCAAATACTGATGGGATAGATCCAGgttactccta ... gtatatgcagATTCTTGTGAAAATGTGGTGATAAAAAACTGCTACATTTCTGTTGGTGATG
ttaaaagtttatgcttcattaatcaatctgtttgttattcttgatgtatatgcagATTCTTGTGAAAATGTGGTGATAAAAAACTGCTACATTTCTGTTGGTGATGATGGGATAGCCATAAAGAGTGGTTGGGACCAATATGGAATTGCTTATGG
attaatcaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agaaacctgcactgcatgtccatgttctcttgaagcctcttttttttaaaagtttatgcttcattaatcaatctgtttgttattcttgatgtatatgcagATTCTTGTGAAAATGTGGTGATAAAAAACTGCTACATTTCTGTTGGTGATGATGGGATAGCCATAAAGAGTGGTTGGGACCAATATGGAATTGCTTATGG
- - acctgca
- - - - - - tgcatgt
- - - - - - - - - - catgttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attcttg