1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtgccttctctgctttagcggttgaagagaatgaggttctttcagtttggtcactgatgcaccgttttccctctatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTTCAGTCCCATTGAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G101217_T05 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|71448748|gb|DR829798.1|DR829798
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|101391071|gb|EB817469.1|EB817469
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|71312573|gb|DR792811.1|DR792811
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|211153475|gb|FL406036.1|FL406036
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCYTEST: gi|211057983|gb|FL426573.1|FL426573
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|211269212|gb|FL410574.1|FL410574
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|211209580|gb|FL394645.1|FL394645
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|89250708|gb|DY622494.1|DY622494
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: GTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCCTACACAATAGCAGCATCCATTCTGCGTACAGCAAATCTEST: gi|211491486|gb|FL425979.1|FL425979
genomic: GTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCC-GTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCC-TACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|37417541|gb|CF646424.1|CF646424
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: GTATAAGAAGCATGATATCGCCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|50337135|gb|CO532261.1|CO532261
genomic: GTATAAGAAGCATGATATCGC-TTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|76910427|gb|DV163865.1|DV163865
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|93012641|gb|EB638161.1|EB638161
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|74245283|gb|DT653197.1|DT653197
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|211063350|gb|FL405207.1|FL405207
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAEST: gi|211197467|gb|FL425782.1|FL425782
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACA
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|93012306|gb|EB637826.1|EB637826
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|211164475|gb|FL391064.1|FL391064
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGANGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|211428747|gb|FL388358.1|FL388358
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: GTATAAGAAGCATGATRATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|211524044|gb|FL387968.1|FL387968
genomic: GTATAAGAAGCATGAT-ATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|76281532|gb|DV021100.1|DV021100
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|93012540|gb|EB638060.1|EB638060
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|71299666|gb|DR785841.1|DR785841
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|211054342|gb|FL401189.1|FL401189
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCEST: gi|211428657|gb|FL384948.1|FL384948
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTC
EST: GGATAAGAAGCATGATATCCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTEST: gi|148960597|gb|EE011219.2|EE011219
genomic: GTATAAGAAGCATGATATC-GCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATTCTEST: gi|211085712|gb|FL420035.1|FL420035
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAAT-CT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|50336106|gb|CO531232.1|CO531232
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|148959299|gb|EE010710.2|EE010710
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|19436955|gb|BM953365.1|BM953365
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|50325602|gb|CO520728.1|CO520728
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTEST: gi|71303088|gb|DR787655.1|DR787655
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
gaatgaggttctttcagtttggtcactgatgcaccgttttccctctatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTTCAGTCCCATTGAAG
cactgat putative branch site (score: 3)
caccgttttccctct CT-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgccttctctgctttagcggttgaagagaatgaggttctttcagtttggtcactgatgcaccgttttccctctatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTTCAGTCCCATTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG