1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtacttgtgcatttttgtttcttacagcgtgcaacctgccaagggcaatttacgaatgatattaggcccattgcttagctagcactttttctagGTTGAACCAAGTCTATTTCCTATGCTTGGCAAGTGGGAAAGGGAACATACAATGGAGGACATCCTGAGCAGCTTAAAAAGGGAGATGTCAACTCCTCAGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G090172_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATTCCAGACTCGGATCAATATGACATGCGTGAACCAAGAAACTGGATTG GTTGAACCAAGTCTATTTCCTATGCTTGEST: gi|211185214|gb|FL186077.1|FL186077
genomic: GATTCCAGACTCGGATCAATATGACATGCGTGAACCAAGAAACTGGATTGgtacttgtgc ... ctttttctagGTTGAACCAAGTCTATTTCCTATGCTTG
EST: GATTCCAGACTCGGATCAATATGACATGCGTGAACCAAGAAACTGGATTG GTTGAACCAAGTCTATTTCCTATGCTTGGCAAGTGGGAAAGGGAACATACAEST: gi|211187617|gb|FL186095.1|FL186095
genomic: GATTCCAGACTCGGATCAATATGACATGCGTGAACCAAGAAACTGGATTGgtacttgtgc ... ctttttctagGTTGAACCAAGTCTATTTCCTATGCTTGGCAAGTGGGAAAGGGAACATACA
EST: GATTCCAGACTCGGATCAATATGACATGCGTGAACCAAGAAACTGGATTG GTTGAACCAAGTCTATTTCCTATGCTTGGCAAGTGGGAAAGGGAACATACAEST: gi|211185223|gb|FL186086.1|FL186086
genomic: GATTCCAGACTCGGATCAATATGACATGCGTGAACCAAGAAACTGGATTGgtacttgtgc ... ctttttctagGTTGAACCAAGTCTATTTCCTATGCTTGGCAAGTGGGAAAGGGAACATACA
EST: GATTCCAGACTCGGATCAATATGACATGCGTGAACCAAGAAACTGGATTG GTTGAACCAAGTCTATT-CCTATGCTTGGCAAGTGGGAAAGGGAACATACAEST: gi|211187612|gb|FL186090.1|FL186090
genomic: GATTCCAGACTCGGATCAATATGACATGCGTGAACCAAGAAACTGGATTGgtacttgtgc ... ctttttctagGTTGAACCAAGTCTATTTCCTATGCTTGGCAAGTGGGAAAGGGAACATACA
EST: GATTCCAGACTCGGATCAATATGACATGCGTGAACCAAGAAACTGGATTG GTTGAACCAAGTCTATTTCCTATGCTTGGCAAGTGGGAAAGGGAACATACAEST: gi|211185219|gb|FL186082.1|FL186082
genomic: GATTCCAGACTCGGATCAATATGACATGCGTGAACCAAGAAACTGGATTGgtacttgtgc ... ctttttctagGTTGAACCAAGTCTATTTCCTATGCTTGGCAAGTGGGAAAGGGAACATACA
EST: GATTCCAGACTCGGATCAATATGACATGCGTGAACCAAGAAACTGGATTG GTTGAACCAAGTCTATTTCCTATGCTTGGCEST: gi|71758996|gb|DR956933.1|DR956933
genomic: GATTCCAGACTCGGATCAATATGACATGCGTGAACCAAGAAACTGGATTGgtacttgtgc ... ctttttctagGTTGAACCAAGTCTATTTCCTATGCTTGGC
EST: GATTCCAGACTCGGATCAATATGACATGCGTGAACCAAGAAACTGGATTG GTTGAACCAAGCCTATTTCTTATGCTTGGCAAGTGGGAAAGGGAACATACAEST: gi|71438019|gb|DR819069.1|DR819069
genomic: GATTCCAGACTCGGATCAATATGACATGCGTGAACCAAGAAACTGGATTGgtacttgtgc ... ctttttctagGTTGAACCAAGTCTATTTCCTATGCTTGGCAAGTGGGAAAGGGAACATACA
EST: GATTCCAGACTCGGATCAATATGACATGCGTGAACCAAGAAACTGGATTG GTTGAACCAAGCCTATTTCCTATGCTTGGCAAGTGGGAAAGGGAACATACA
genomic: GATTCCAGACTCGGATCAATATGACATGCGTGAACCAAGAAACTGGATTGgtacttgtgc ... ctttttctagGTTGAACCAAGTCTATTTCCTATGCTTGGCAAGTGGGAAAGGGAACATACA
caagggcaatttacgaatgatattaggcccattgcttagctagcactttttctagGTTGAACCAAGTCTATTTCCTATGCTTGGCAAGTGGGAAAGGGAACATACAATGGAGGACATCCTGAGCAGCTTAAAAAGGGAGATGTCAACTCCTCAGA
cactttttct CT-rich tract
aatgatatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacttgtgcatttttgtttcttacagcgtgcaacctgccaagggcaatttacgaatgatattaggcccattgcttagctagcactttttctagGTTGAACCAAGTCTATTTCCTATGCTTGGCAAGTGGGAAAGGGAACATACAATGGAGGACATCCTGAGCAGCTTAAAAAGGGAGATGTCAACTCCTCAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC