Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aataatagtttgacataggacattggacttatatttggattggagatagtataattttgttcaatgcaactattatggcaatcacataacatttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATGGGTTTTCCAGTAGATGACCTTAAATTTGACCCTGACCTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G044819_T03
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G044819_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g14810.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
---aataatagtttgacataggacattggacttatatttggattggagatagtataattttgttcaatgcaactattatggcaatcacataacatttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATGGGTTTTCCAGTAGATGACCTTAAATTTGACCCTGACCTG
    || | |  |  | | |  ||||  |   | | | |   ||  | || ||    || || | |||   |  |  |    | |    | |||| | ||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||| || ||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||| |||||||||
tcacatcagacataaaaaaacaacatgagtgctttgtgtcc-ttccatatggtcc--ttgtggtaaattgcagaaaaaccaaattgttgttacatctatgcagGCTTGGGAAGGGCGTGCTTATGATTATGGTATGGCCAATCTGAAGGGCATGGGTTTCCCTGTAGATGACCTTGAATTTGATCCTGACCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148953072|gb|EE152549.2|EE152549
EST:     GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
EST: gi|17970200|gb|BM276964.1|BM276964
EST:     TGTAGTTGGCTACGATATGGATTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
genomic: TGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
EST: gi|149071776|gb|EE160171.2|EE160171
EST:     GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
EST: gi|22935698|gb|BU571973.1|BU571973
EST:     GTGTAGTTGGCTACGATATGGATTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
EST: gi|148931443|gb|EC874416.2|EC874416
EST:     GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
EST: gi|211437118|gb|FL188840.1|FL188840
EST:     GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCCTGG-AAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCAT
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCC-TGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCAT
EST: gi|26559582|gb|CA831817.1|CA831817
EST:     GCGTAGTTGGCTACGATATGGATTATACATTAATTCATTACAATGTGATA                         GCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
EST: gi|71446139|gb|DR827189.1|DR827189
EST:     GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
EST: gi|87156662|gb|DY401451.1|DY401451
EST:     GTGTAGTTGGCTACGATATGGATTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
EST: gi|211437116|gb|FL188838.1|FL188838
EST:     GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
EST: gi|148967093|gb|EE018263.2|EE018263
EST:     GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
EST: gi|211437120|gb|FL188842.1|FL188842
EST:     GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCTGGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGGATGGACAACCTCAAGAGCA
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGG-AAGGACGTGCATATGACTATGGG-ATGGACAACCTCAAGAGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atagtataattttgttcaatgcaactattatggcaatcacataacatttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATGGGTTTTCCAGTAGATGACCTTAAATTTGACCCTGACCTG
                                      acataac  putative branch site (score: 3)
                                            catttct  CT-rich tract
     ataattttgttcaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aataatagtttgacataggacattggacttatatttggattggagatagtataattttgttcaatgcaactattatggcaatcacataacatttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATGGGTTTTCCAGTAGATGACCTTAAATTTGACCCTGACCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatgcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatcaca