1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' | 23 5' 3' | 24 5' 3' | 25 5' 3' | 26 5' 3' | 27 5' 3' | 28 5' 3' | 29 5' 3' | 30 5' 3' | 31 5' 3' | 32 5' 3' | 33 5' 3' | 34 5' 3' |
gtgctccaattgtcttattgtgctctttatacgttcatatgtacaattacataacgcgacttgtctatgcttgactatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCAGATTCCAGCTGCAACTGGTCCTGCGGACTGGCATGAAGCTCTTGACATA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G009849_T01 |
intron # | 23 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAG GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCAEST: gi|18648722|gb|BM497541.1|BM497541
genomic: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: GACAGGATCAATGATCTCAAG GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCAEST: gi|18450493|gb|BM428771.1|BM428771
genomic: GACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: ACAGGATCAATGATCTCAAG GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCAEST: gi|19822659|gb|BQ048683.1|BQ048683
genomic: ACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAG GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCAEST: gi|20301651|gb|BQ164594.1|BQ164594
genomic: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAG GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCAEST: gi|61118500|gb|DN559461.1|DN559461
genomic: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: CAAAGCGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAG GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCGCATGGTACCTAGGCAEST: gi|18450492|gb|BM428770.1|BM428770
genomic: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAG GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCAEST: gi|18649578|gb|BM498397.1|BM498397
genomic: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: AAAGTGGAAAAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAG GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCAEST: gi|18450764|gb|BM429042.1|BM429042
genomic: AAAGTGG-AGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAG GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCAEST: gi|18648832|gb|BM497651.1|BM497651
genomic: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAG GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCAEST: gi|18648721|gb|BM497540.1|BM497540
genomic: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAG GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
genomic: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
tacgttcatatgtacaattacataacgcgacttgtctatgcttgactatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCAGATTCCAGCTGCAACTGGTCCTGCGGACTGGCATGAAGCTCTTGACATA
aattacataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgctccaattgtcttattgtgctctttatacgttcatatgtacaattacataacgcgacttgtctatgcttgactatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCAGATTCCAGCTGCAACTGGTCCTGCGGACTGGCATGAAGCTCTTGACATA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC