1 5' 3' | 2 5' 3' |
...tctatgttggagaaaggaaatacaaatactcaagaatttgcattatgatgaataattttctgtgaacatgggttaaccattaattttgtcttcgctgcagCACGGATTTAAGACTTAACCAGCCAAGATATGCAACTTTGCCCAACATAATGAAGGCAAAATCCAAAGTTATTAAGAAAGTCGCCGCTGAAGACCTTGGC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G173040_T02 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAGCTGGATTGCTCAAGTGGCCACAAGGAACCTTTGCCTCCAAG CACGGATTTAAGACTTAACCAGCCAAGATATGCAACTTTGCCCAACATAATEST: gi|74232796|gb|DT640710.1|DT640710
genomic: TAGCTGGATTGCTCAAGTGGCCACAAGGAACCTTTGCCTCCAAGgtaccccccc ... ttcgctgcagCACGGATTTAAGACTTAACCAGCCAAGATATGCAACTTTGCCCAACATAAT
EST: AAATGTTAGCTGGATTGCTCAAGTGGCCACAAGGAACCTTTGCCTCCCAG CACGGATTTAAGACTTAACCAGCCCAGATATGCAACTTTGCCCCACATAATEST: gi|74232795|gb|DT640709.1|DT640709
genomic: AAATGTTAGCTGGATTGCTCAAGTGGCCACAAGGAACCTTTGCCTCCAAGgtaccccccc ... ttcgctgcagCACGGATTTAAGACTTAACCAGCCAAGATATGCAACTTTGCCCAACATAAT
EST: AAATGTTAGCTGGATTGCTCAAGTGGCCACAAGGAACCTTTGCCTCCAAG CACGGATTTAAGACTTAACCAGCCAAGATATGCAACTTTGCCCAACATAAT
genomic: AAATGTTAGCTGGATTGCTCAAGTGGCCACAAGGAACCTTTGCCTCCAAGgtaccccccc ... ttcgctgcagCACGGATTTAAGACTTAACCAGCCAAGATATGCAACTTTGCCCAACATAAT
tgatgaataattttctgtgaacatgggttaaccattaattttgtcttcgctgcagCACGGATTTAAGACTTAACCAGCCAAGATATGCAACTTTGCCCAACATAATGAAGGCAAAATCCAAAGTTATTAAGAAAGTCGCCGCTGAAGACCTTGGC
cattaat putative branch site (score: 3)
ttttgtcttc CT-rich tract
ttaaccattaatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tctatgttggagaaaggaaatacaaatactcaagaatttgcattatgatgaataattttctgtgaacatgggttaaccattaattttgtcttcgctgcagCACGGATTTAAGACTTAACCAGCCAAGATATGCAACTTTGCCCAACATAATGAAGGCAAAATCCAAAGTTATTAAGAAAGTCGCCGCTGAAGACCTTGGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- tatgttg
- - - - - -gaaaggaa
- - - - - - - - - -atacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgcatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaacatg