1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtgagtatcaactatcaaccctgagtctgcatttcatatctattacatcgggtctcattgcactaccgaactttgtagcatcttatgttgcagaatatgtatataggatcaattggctactgcatattgctaacgtttgtttattacactgtcatcggcagTTTGTGGAGTAGCAGGAGGCGGTCTATTGGTAGTGTCAGTGTGCTTCTTTTTTGTCTGGCGCAAGCACAAAAGAAGGAAACAAGCAAGAGCACCGAATGG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G171807_T02 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGGAAACAGCAACAAAAATAGGATACTCGGAATTG TTTGTGGAGTAGCAGGAGGCGGTCTATTGGTAGTGTCAGTGTGCTTCTTTTEST: gi|78075743|gb|DV504177.1|DV504177
genomic: GAGGAAACAGCAACAAAAATAGGATACTCGGAATTGgtgagtatca ... tcatcggcagTTTGTGGAGTAGCAGGAGGCGGTCTATTGGTAGTGTCAGTGTGCTTCTTTT
EST: GAGGAAACAGCAAACAAAA-TAGGATACTCGGAATTG TTTGTGGAGTAGCAAGAGGCGGTCTATTGGTAGTGTEST: gi|78104925|gb|DV523343.1|DV523343
genomic: GAGGAAACAGCAA-CAAAAATAGGATACTCGGAATTGgtgagtatca ... tcatcggcagTTTGTGGAGTAGCAGGAGGCGGTCTATTGGTAGTGT
EST: GAGGAAACAGCAACAAAAATAGGATACTCGGAATTG TTTGTGGAGTAGCAGGAGGCGGTCTATTGGTAGTGTCAGTGTGCTTCTTTT
genomic: GAGGAAACAGCAACAAAAATAGGATACTCGGAATTGgtgagtatca ... tcatcggcagTTTGTGGAGTAGCAGGAGGCGGTCTATTGGTAGTGTCAGTGTGCTTCTTTT
gatcaattggctactgcatattgctaacgtttgtttattacactgtcatcggcagTTTGTGGAGTAGCAGGAGGCGGTCTATTGGTAGTGTCAGTGTGCTTCTTTTTTGTCTGGCGCAAGCACAAAAGAAGGAAACAAGCAAGAGCACCGAATGG
tgctaac putative branch site (score: 1)
tttgtttatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagtatcaactatcaaccctgagtctgcatttcatatctattacatcgggtctcattgcactaccgaactttgtagcatcttatgttgcagaatatgtatataggatcaattggctactgcatattgctaacgtttgtttattacactgtcatcggcagTTTGTGGAGTAGCAGGAGGCGGTCTATTGGTAGTGTCAGTGTGCTTCTTTTTTGTCTGGCGCAAGCACAAAAGAAGGAAACAAGCAAGAGCACCGAATGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
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