1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtgagttgggattgtgatgctgtttctcccccagaattcatttgttaaacacttttgaaatttctttgtatatctagGTTATTTTAACACCGACCCATCTTGCTATTGTCATGGAATATGCCTCTGGCGGTGAGCTTTTTGAGAGAATATGTAAGAACGTGCGATTCAGTGAAGATG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G171435_T02 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAATTAACCATAGATCATTGAAACACCCTAACATTATTAGGTTTAAAGAG GTTATTTTAACACCGACCCATCTTGCTATTGTCATGGAATATGCCTCTGGCEST: gi|211499753|gb|FL295241.1|FL295241
genomic: TAATTAACCATAGATCATTGAAACACCCTAACATTATTAGGTTTAAAGAGgtgagttggg ... gtatatctagGTTATTTTAACACCGACCCATCTTGCTATTGTCATGGAATATGCCTCTGGC
EST: TAATTAACCATAGATCATTGAAACACCCTAACATTATTAGGTTTAAAGAG GTTATTTTAACACCGACCCATCTTGCTATTGTCATGGAATATGCCTCTGGCEST: gi|211499759|gb|FL295247.1|FL295247
genomic: TAATTAACCATAGATCATTGAAACACCCTAACATTATTAGGTTTAAAGAGgtgagttggg ... gtatatctagGTTATTTTAACACCGACCCATCTTGCTATTGTCATGGAATATGCCTCTGGC
EST: TAATTAACCATAGATCATTGAAACACCCTAACATTATTAGGTTTAAAGAG GTTATTTTAACACCGACCCATCTTGCTATTGTCATGGAATATGCCTCTGGCEST: gi|148932906|gb|EE285698.2|EE285698
genomic: TAATTAACCATAGATCATTGAAACACCCTAACATTATTAGGTTTAAAGAGgtgagttggg ... gtatatctagGTTATTTTAACACCGACCCATCTTGCTATTGTCATGGAATATGCCTCTGGC
EST: TAATTAACCATAGATCATTGAAACACCCTAACATTATTAGGTTTAAAGAG GTTATTTTAACACCGACCCATCTTGCTATTGTCATGGAATATGCCTCTGGCEST: gi|211204702|gb|FL178018.1|FL178018
genomic: TAATTAACCATAGATCATTGAAACACCCTAACATTATTAGGTTTAAAGAGgtgagttggg ... gtatatctagGTTATTTTAACACCGACCCATCTTGCTATTGTCATGGAATATGCCTCTGGC
EST: TAATTAACCATAGATCATTGAAACACCCTAACATTATTAGGTTTAAAGAG GTTATTTTAACACCGACCCATCTTGCTATTGTCATGGAATATGCCTCTGGCEST: gi|78107855|gb|DV526273.1|DV526273
genomic: TAATTAACCATAGATCATTGAAACACCCTAACATTATTAGGTTTAAAGAGgtgagttggg ... gtatatctagGTTATTTTAACACCGACCCATCTTGCTATTGTCATGGAATATGCCTCTGGC
EST: TAATTAACCATAGATCATTGAAACACCCTAACATTATTAGGTTTAAAGAG GTTATTTTAACACCGACCCATCTTGCTATTGTCATGGAATATGCCTCTGGCEST: gi|211108565|gb|FL429107.1|FL429107
genomic: TAATTAACCATAGATCATTGAAACACCCTAACATTATTAGGTTTAAAGAGgtgagttggg ... gtatatctagGTTATTTTAACACCGACCCATCTTGCTATTGTCATGGAATATGCCTCTGGC
EST: TAATTAACCATAGATCATTGAAACACCCTAACATTATTAGGTTTAAAGAG GTTATTTTAACACCGACCCATCTTGCTATTGTCATGGAATATGCCTCTGGCEST: gi|211166134|gb|FL157545.1|FL157545
genomic: TAATTAACCATAGATCATTGAAACACCCTAACATTATTAGGTTTAAAGAGgtgagttggg ... gtatatctagGTTATTTTAACACCGACCCATCTTGCTATTGTCATGGAATATGCCTCTGGC
EST: TAATTAACCATAGATCATTGAAACACCCTAACATTATTAGGTTTAAAGAG GTTATTTTAACACCGACCCATCTTGCTATTGTCATGGAATATGCCTCTG
genomic: TAATTAACCATAGATCATTGAAACACCCTAACATTATTAGGTTTAAAGAGgtgagttggg ... gtatatctagGTTATTTTAACACCGACCCATCTTGCTATTGTCATGGAATATGCCTCTG
tttctcccccagaattcatttgttaaacacttttgaaatttctttgtatatctagGTTATTTTAACACCGACCCATCTTGCTATTGTCATGGAATATGCCTCTGGCGGTGAGCTTTTTGAGAGAATATGTAAGAACGTGCGATTCAGTGAAGATG
tttctttgt CT-rich tract
ttttgaaatttctttg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagttgggattgtgatgctgtttctcccccagaattcatttgttaaacacttttgaaatttctttgtatatctagGTTATTTTAACACCGACCCATCTTGCTATTGTCATGGAATATGCCTCTGGCGGTGAGCTTTTTGAGAGAATATGTAAGAACGTGCGATTCAGTGAAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG