Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tctagcaacctatctctgcgttgccttgattatttgtcttgctgtaattgattaatcaagcattcaagccctcatcgccttgttgcattctgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGGCTCTCACTTACTGACATCAAGATTGACATCAAACGTGTCCCCAAGAAGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G140116_T01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G140116_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os02g40880.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
tctagcaacctatctctgcgttgccttgattatttgtcttgctgtaattg--attaatcaagcattcaagccctcatcgccttgttgcattctgtgaa---ccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGGCTCTCACTTACTGACATCAAGATTGACATCAAACGTGTCCCCAAGAAGA
 |||  |   |||| |||| |    ||  | ||  |  ||  |   ||||   |   |  |  |||  |   | |||  |  ||||   |||||||||   |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||| |||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
-ctattatgttatcgctgc-tcatttttctaatcggagttaattatattgtagtgctttgattattggatatcacataactctgtt---ttctgtgaatcaccagGCACTTGTGGATGCTCCTGACATGGTCAGGTGCCAGATCAACTTCAAGAGGCTTTCCCTGACTGACATCAAGATTGACATCAAACGTGTCCCGAAGAAGA

upper sequence: GRMZM2G140116_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA03G06380.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
-------tctagcaacctatctctgcgttgccttgattatttgtcttgctgtaattgattaatcaagcattc----aagccctcatcgccttgttgc--attctgtgaac--cagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGGCTCTCACTTACTGACATCAAGATTGACATCAAACGTGTCCCCAAGAAGA
       ||   | |||   |      || |||| |||     | |      ||    ||   || || |||    ||    |  | || ||||||   || ||   ||    |||| ||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || || |||||  |||| || || || ||||| ||||||||||| ||  | ||||| |||||||
gtaactctcccaccaccacccaagttcttacctttatt-cacatttacacacaaccatttg--catgctttcttagaattagttcttgctttgttgataatcctaataatattagGCTCTTGTCGATGCCCCTGATATGGTGAGGTCCCAAGTCAATTTCAAAAGGCTTTCCCTAACCGACATTAAGATTGACATTAAGAGGGTCCCTAAGAAGA

upper sequence: GRMZM2G140116_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA10G32580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
--------tctagcaacctatctctgcgttgccttgattatttgtcttgctgtaattgattaatcaagcattc----aagccctcatcgccttgttgcattctgtga-accagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGGCTCTCACTTACTGACATCAAGATTGACATCAAACGTGTCCCCAAGAAGA
        || | || || || |||   |  | ||||| |    | |     ||     ||   || |  |||    |||   |  |    ||||||       | | |  |||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || || |||||  |||| || ||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||
gtaacccctccaccacccaatttct---tacctttgatca--catttaagcatacccatttg--catgttttcttagaagtagttgtt-ttttgttgttgatgataataatagGCACTTGTCGATGCCCCTGATATGGTGAGGTCCCAAGTCAATTTCAAAAGGCTTTCCCTTACCGACATCAAGATTGACATCAAGAGGGTCCCTAAGAAGA

upper sequence: GRMZM2G140116_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA02G00680.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
tctagcaacctatctctgcgttgccttgattatttgtcttgctgtaattgattaatcaagcattcaagccct----catcgccttgttgcattctgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGGCTCTCACTTACTGACATCAAGATTGACATCAAACGTGTCCCCAAGAAGA
   ||    | |  |    | |   |||  | |   | || | |   |||  || |  |   |  || || |    |||    ||  | |  | |||  || |||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| || || ||  |  ||||||||||||
--gaggtgtccacattattgataagttggatgtgctttttacagcttttgggtatttga-tgtcaaaaccatgtagcataatttttctaccatttgttgac-agGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGGCTATCACTCACTGACATCAAGATCGATATTAAGAGGATCCCCAAGAAGA

upper sequence: GRMZM2G140116_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA10G00680.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
tctagcaacctatctctgcgttgccttgattatttgtcttgctgtaattgattaatcaagcattcaagccct----catcgccttgttgcattctgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGGCTCTCACTTACTGACATCAAGATTGACATCAAACGTGTCCCCAAGAAGA
   ||      |  |    | |   |||  | |   | || | |   | || || |  |   |  || || |    |||    ||  | |  | |||  || |||| ||||| ||||| || || ||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| || ||  |  | ||||||||||
--gaggtgtagacattattgataagttgcatgtgcatgttacagctttcgagtatttga-tttcaaaaccatgtagcataatttttctaccatttgttgac-agGCTCTTGTTGATGCTCCCGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGGCTCTCGCTCACTGACATCAAGATTGATATTAAGAGGATTCCCAAGAAGA

upper sequence: GRMZM2G140116_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv11s0118g00670.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
tctagcaacctatctctgcgttgcc-ttgattatttgtcttgctgtaattgattaatcaagc--attcaagccctcatcgccttgttgcattctgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGGCTCTCACTTACTGACATCAAGATTGACATCAAACGTGTCCCCAAGAAGA
|||| ||| |  |   | | |     || |  || |    |  | |  || || |    ||   |||      ||||  |     ||| || |  |    ||||| ||||||||||| || || ||||| || |||||  ||||||| ||| |||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||| | || || ||||| |
tcta-caagcattgaatacatcaatattaaagatatactgttgtttccttcatgagaagagatgattatcaatctcagagtgcaattgtatccctttg--cagGCTCTTGTGGATGCACCCGACATGGTGAGATGCCAAATGAACTTTAAGAGGCTTTCACTCACTGATATCAAAATTGACATCAAAAGGGTGCCTAAGAAAA

upper sequence: GRMZM2G140116_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv05s0049g01310.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
--tctagcaacctatctctgcgttgccttgattatttgtct--tgctgtaattgat-taatcaagcattcaagccctcatcgccttgttgcattctgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGGCTCTCACTTACTGACATCAAGATTGACATCAAACGTGTCCCCAAGAAGA
  | |   ||   ||   ||  ||        | | |      || | |  || || |||  |     ||||     ||  |     ||| || |  ||   ||||| |||||||| || ||||||||||| || |||||  ||||||| ||| |||| ||||| || || ||||| |||||||||||| | || || ||||| |
attttcaaaattgataaatggattttgaaagatgtatactgggtgttttctttaatgtaaagagattatcaa--ttacagagtgcaattggataccttg---cagGCCCTTGTGGACGCACCTGATATGGTGAGATGCCAAATGAACTTTAAGAGGCTTTCACTCACAGATATCAAAATTGACATCAAAAGGGTGCCTAAGAAAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32911809|gb|CF016621.1|CF016621
EST:     GGACTATGGCCGTCTCGTCTGT-TTCTTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: GGACTATGGCCGTCTCGT-TGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211533761|gb|FL303615.1|FL303615
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211530756|gb|FL303602.1|FL303602
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|15079886|gb|BI388867.1|BI388867
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTAGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211536770|gb|FL303629.1|FL303629
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211143363|gb|FL303692.1|FL303692
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211261808|gb|FL064149.1|FL064149
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211527752|gb|FL303583.1|FL303583
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211146222|gb|FL303713.1|FL303713
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|213170681|gb|FM184208.1|FM184208
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|40336326|gb|CK370396.1|CK370396
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTAGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|31664510|gb|CD573443.1|CD573443
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211372372|gb|FL088523.1|FL088523
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTAGAT-TGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|67022364|gb|CO451113.1|CO451113
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTTGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211542796|gb|FL303661.1|FL303661
EST:     GGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTAGATGTTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: GGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATG-TGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211536765|gb|FL303624.1|FL303624
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGT-AACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|32910529|gb|CF015341.1|CF015341
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|113702161|gb|EE679665.1|EE679665
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTAGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|15313541|gb|BI478750.1|BI478750
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTAGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211143352|gb|FL303681.1|FL303681
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211261811|gb|FL064152.1|FL064152
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211536771|gb|FL303630.1|FL303630
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211527753|gb|FL303584.1|FL303584
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCARGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|148986741|gb|EE030533.2|EE030533
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211539782|gb|FL303647.1|FL303647
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|71306187|gb|DR789244.1|DR789244
EST:     GTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: GTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211530749|gb|FL303595.1|FL303595
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|4646709|gb|AI491572.2|AI491572
EST:     TGGCCGTTTCGTTGTCATCGCCAATGTGGTCGNCCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGAAATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAACGG
genomic: TGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211524749|gb|FL303573.1|FL303573
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GTACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|50332509|gb|CO527635.1|CO527635
EST:     CGTCGATGTGGTCGACCAGAACACG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: CGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211144789|gb|FL303700.1|FL303700
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211536769|gb|FL303628.1|FL303628
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|87155926|gb|DY400715.1|DY400715
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTAGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211533760|gb|FL303614.1|FL303614
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAKG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|22545563|gb|BU097922.1|BU097922
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCG-CATCGTAGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211533755|gb|FL303609.1|FL303609
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211530750|gb|FL303596.1|FL303596
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGYTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211143351|gb|FL303680.1|FL303680
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211146218|gb|FL303709.1|FL303709
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211542785|gb|FL303650.1|FL303650
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211533763|gb|FL303617.1|FL303617
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211146220|gb|FL303711.1|FL303711
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTAGAT-TGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|37386208|gb|CF630286.1|CF630286
EST:     GTCATCGTAGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: GTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211542797|gb|FL303662.1|FL303662
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211533751|gb|FL303605.1|FL303605
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTAGAT-TGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTCGAACTTCAAGCG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGT-GAACTTCAAGCG
EST: gi|60349639|gb|DN216612.1|DN216612
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|31664511|gb|CD573444.1|CD573444
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211144787|gb|FL303698.1|FL303698
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211141913|gb|FL303665.1|FL303665
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|29130154|gb|CB380858.1|CB380858
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211530745|gb|FL303591.1|FL303591
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|60343863|gb|DN210836.1|DN210836
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTTGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211261814|gb|FL064155.1|FL064155
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|37393120|gb|CF633817.1|CF633817
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTAGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211143361|gb|FL303690.1|FL303690
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211527756|gb|FL303587.1|FL303587
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCRACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|32851326|gb|CD991007.1|CD991007
EST:     GGACTATNGGCCGTCTCGTCGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: GGACTAT-GGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211143357|gb|FL303686.1|FL303686
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTAGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211536774|gb|FL303633.1|FL303633
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|60341459|gb|DN208432.1|DN208432
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|60354734|gb|DN221707.1|DN221707
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|32912862|gb|CF017674.1|CF017674
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|71417121|gb|DR803927.1|DR803927
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211542787|gb|FL303652.1|FL303652
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTAGAT-TGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211539777|gb|FL303642.1|FL303642
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|5069721|gb|AI737686.1|AI737686
EST:     TGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: TGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|61119757|gb|DN560718.1|DN560718
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211527749|gb|FL303580.1|FL303580
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211144785|gb|FL303696.1|FL303696
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211527751|gb|FL303582.1|FL303582
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|32908584|gb|CF013397.1|CF013397
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211533764|gb|FL303618.1|FL303618
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTAGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|32933013|gb|CF037825.1|CF037825
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTCGATGTGGTCGGCCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211542788|gb|FL303653.1|FL303653
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211533752|gb|FL303606.1|FL303606
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211533754|gb|FL303608.1|FL303608
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|15100497|gb|BI396288.1|BI396288
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTAGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211144784|gb|FL303695.1|FL303695
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211530748|gb|FL303594.1|FL303594
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211143355|gb|FL303684.1|FL303684
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|60348097|gb|DN215070.1|DN215070
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211141917|gb|FL303669.1|FL303669
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|32912436|gb|CF017248.1|CF017248
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTCGATGTGTTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211524745|gb|FL303569.1|FL303569
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211524742|gb|FL303566.1|FL303566
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|60357236|gb|DN224209.1|DN224209
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211144790|gb|FL303701.1|FL303701
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCMCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211542784|gb|FL303649.1|FL303649
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211146223|gb|FL303714.1|FL303714
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211261810|gb|FL064151.1|FL064151
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|60399266|gb|DN232080.1|DN232080
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211536768|gb|FL303627.1|FL303627
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211542786|gb|FL303651.1|FL303651
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|32911128|gb|CF015940.1|CF015940
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211141915|gb|FL303667.1|FL303667
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211141916|gb|FL303668.1|FL303668
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|32908470|gb|CF013283.1|CF013283
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211536764|gb|FL303623.1|FL303623
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211533750|gb|FL303604.1|FL303604
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCNTCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211144794|gb|FL303705.1|FL303705
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211539783|gb|FL303648.1|FL303648
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211141925|gb|FL303677.1|FL303677
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTAGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211141919|gb|FL303671.1|FL303671
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
EST: gi|211536763|gb|FL303622.1|FL303622
EST:     AGGACTATGGCCGTCTCGTCGTCATCGTAGATGTGGTCGACCAGAACAGG                         GCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG
genomic: AGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 971

GTTCAAGAGGTTCGTGGAGATCGGGCGCGTGGCCCTGGTGAACTACGGGGAGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGGCTCTCACTTACTGACATCAAGATTGACATCAAACGTGTCCCCAAGAAGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 804

GTTCAAGAGGTTCGTGGAGATCGGGCGCGTGGCCCTGGTGAACTACGGGGAGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGGCTCTCACTTACTGACATCAAGATTGACATCAAACGTGTCCCCAAGAAGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 373

GTTCAAGAGGTTCGTGGAGATCGGGCGCGTGGCCCTGGTGAACTACGGGGAGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGGCTCTCACTTACTGACATCAAGATTGACATCAAACGTGTCCCCAAGAAGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 476

GTTCAAGAGGTTCGTGGAGATCGGGCGCGTGGCCCTGGTGAACTACGGGGAGGACTATGGCCGTCTCGTTGTCATCGTCGATGTGGTCGACCAGAACAGGgtaaggactg ... tgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGGCTCTCACTTACTGACATCAAGATTGACATCAAACGTGTCCCCAAGAAGA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aattgattaatcaagcattcaagccctcatcgccttgttgcattctgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGGCTCTCACTTACTGACATCAAGATTGACATCAAACGTGTCCCCAAGAAGA
    gattaat  putative branch site (score: 476)
     attaatcaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tctagcaacctatctctgcgttgccttgattatttgtcttgctgtaattgattaatcaagcattcaagccctcatcgccttgttgcattctgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGGCTCTCACTTACTGACATCAAGATTGACATCAAACGTGTCCCCAAGAAGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - -tgccttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttgctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcattca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcattc