1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...atcagctgttaccatgaatttgttgctctttacataattaccctcctatatgtagatatttcttgtcattcaatcaacatctgtcctggttcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTGGAACAGTTGGAGTAGTGGATCCTTCTGAGGCTATGCCTATTATAAATG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G120300_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCCTGCATGATGTTGATACEST: gi|5325053|gb|AI783244.1|AI783244
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCC-TGCATGATGTTGATAC
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|211007081|gb|FL215827.1|FL215827
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTATCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|78086882|gb|DV515275.1|DV515275
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|149112938|gb|EE295731.2|EE295731
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|211009850|gb|FL215839.1|FL215839
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCATATATCCTGEST: gi|74238485|gb|DT646399.1|DT646399
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTG
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|211009849|gb|FL215838.1|FL215838
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GTTTCTCTGCAACATGACCAGGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCEST: gi|78113025|gb|DV531419.1|DV531419
genomic: GTTTCTCTGCAACATGACCAA-CGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGC
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|148939665|gb|EC884322.2|EC884322
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|148957405|gb|EC903461.2|EC903461
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|211007084|gb|FL215830.1|FL215830
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCATATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|149075909|gb|EE164468.2|EE164468
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|5846865|gb|AI999948.1|AI999948
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|27522113|gb|CA989219.1|CA989219
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|76286961|gb|DV026529.1|DV026529
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|89758697|gb|DY687784.1|DY687784
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|78125192|gb|DV543576.1|DV543576
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCCTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|89755748|gb|DY686053.1|DY686053
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|211007083|gb|FL215829.1|FL215829
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GTTTCTCTGCNCACATGACCAGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCATATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|76912679|gb|DV164844.1|DV164844
genomic: GTTTCTCTGCA-ACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|211007078|gb|FL215824.1|FL215824
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCATATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|6194731|gb|AW146835.1|AW146835
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: TCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|93282109|gb|EB674373.1|EB674373
genomic: TCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|211009846|gb|FL215835.1|FL215835
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCATATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|149103112|gb|EE288479.2|EE288479
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|149026716|gb|EE046118.2|EE046118
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|76929251|gb|DV171925.1|DV171925
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|211007082|gb|FL215828.1|FL215828
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|211007086|gb|FL215832.1|FL215832
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCATATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|91048227|gb|EB158645.1|EB158645
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|67017612|gb|CO446361.1|CO446361
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
ctatatgtagatatttcttgtcattcaatcaacatctgtcctggttcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTGGAACAGTTGGAGTAGTGGATCCTTCTGAGGCTATGCCTATTATAAATG
tagatattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atcagctgttaccatgaatttgttgctctttacataattaccctcctatatgtagatatttcttgtcattcaatcaacatctgtcctggttcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTGGAACAGTTGGAGTAGTGGATCCTTCTGAGGCTATGCCTATTATAAATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA