Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agcttcctatgaattcggaaatggcctgtatatgtattcagattttatgcgaaaggaggcctcctgtggtaccataatattttttctgcaaatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G107654_T01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G107654_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os12g41400.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
----agcttcctatgaattcggaaatggcctgt-atatgtattcagattttatgcgaaaggaggcctcctgtggtaccataatattttttctgcaaatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG
     | |  ||| | |    | ||||   ||| || ||| ||| |||||| ||      |   ||| |   || |  ||| | ||| || |      |  |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||
tttgtgttgactagggacattgcaatgttatgttatttgtcttctgattttgtg-----agcctcctgcatgggcatgatattctttgttgttttgtaacatcagGTACCATTGGGCATGTGGCCCATGGAAAGTCCACCGTTGTGAAAGCTATATCTGGAGTTCAG

upper sequence: GRMZM2G107654_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os12g07740.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
agcttcctatgaattcggaaatggcctgtatatgtattcagattttatgcgaaaggaggcctcctgtggtaccataatatttttt------ctgcaaatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG
    |  ||| | |  ||| || |      ||| |  |  |  | | ||      ||  | |||||  |   ||| | ||| |||      ||| ||| || ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||
----ttgtataactagggacattgtaatgttatattatttgcatatctgatttgtgaa-cttcctgcagcggcatgacattctttttcattctgtaaa-atttcagGTACCATAGGGCATGTGGCCCATGGAAAGTCCACTGTTGTGAAGGCTATATCTGGAGTTCAG

upper sequence: GRMZM2G107654_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT1G04170.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
agcttcctatgaattcggaaatggcctgtatatgtattcagattttatgcgaaaggaggcctcctgtggtaccataatattttttctgcaaatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG
        | |  ||    | |  | | |||||   ||  ||| ||     ||  |     |||| |      |  ||  |  |  |    || | ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
-----gtaacgcttttttgagt--cttttatataagtt--gatgttgaagaaactggcagttcctataagctaaagatgatagtgtt----atgtttcagGAACCATTGGTCATGTCGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATTTCTGGTGTCCAG

upper sequence: GRMZM2G107654_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT4G18330.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
agcttcctatgaattcggaaatggcctgtatatgtattcagattttatgcgaaaggaggcctcctgtggtaccataatattttttctgcaaatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG--------------------------------------
         | ||||      ||   |    |  |  ||    | |||   | |    |    |   |  |||  |||| | |  ||  | |||||||||| |||||||| ||||| ||||| || || || ||| | || |||||||| ||||||||||||                                      
--------gtaaattacactctgcttttgccagctcctctaggtctatagtataacttgatgtcaaagaaacc--aatactgtg-ctaaatatatctcagGAACCATTGGTCATGTCGCTCACGGTAAATCGACTATAGTGAAAGCTATCTCTGGTGTTCAGACTGTGCGTTTTAAGAATGAATTAGAGCGTAACATTAC

upper sequence: GRMZM2G107654_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv13s0074g00310.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
---------------------------------------------------------agcttcctatgaattcggaaatggcctgtatatgtattcagattttatgcgaaaggaggcctcctgtggtaccataatattttttctgcaaatatct---cagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG
                                                           ||| || | |      | ||  ||  ||| |   |   | |    ||  ||       ||    | | | |  |  ||||    ||    |||||   |||| ||  |||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||
gtaattagcttgcagaatgcgtgaactaccttaacacagattagtcatcactcatcatacttactttaaggatatatatttccaatatctaggtggtggtgagctggcaatcctaatctttgattgaagctcataatttcggttgattttatcttttcagGCACAGTTGGGCATGTGGCACATGGGAAGTCCACAGTTGTAAAAGCCATATCTGGTGTTCAG

upper sequence: GRMZM2G107654_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv10s0042g01220.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
-------------------------------------------agcttcctatgaattcggaaatggcctgtatatg--tattcagattttatgcgaaaggaggcctc---ctgtggtacca--------taatattttttctgca----aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG
                                             | || |||  | |    || |   | || ||   | |  || |  |   |    | |   |     || |  || ||        | ||| |||   |  |    |   | ||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
gtaattagcttatggaatgcttgaactaccttaccttagattagtcatcatatttactgcagaaggctttataaatccctgtctaggtgatggtcagctgtaaatcctaatcttttatatcagttgaagttgataatttcagttgattttatcttttcagGCACAATTGGTCATGTGGCTCATGGGAAGTCCACAGTTGTAAAAGCTATATCTGGTGTTCAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22542185|gb|BU092623.1|BU092623
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGANNNNNNNCTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|31405821|gb|CD484553.1|CD484553
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|60351762|gb|DN218735.1|DN218735
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|211411945|gb|FL334071.1|FL334071
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|211112191|gb|FL307977.1|FL307977
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|211512791|gb|FL351608.1|FL351608
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|32906939|gb|CF011752.1|CF011752
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAATTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATA
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTA-CCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATA
EST: gi|211416477|gb|FL311413.1|FL311413
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|19272597|gb|BM888853.1|BM888853
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCGCGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|22473004|gb|BU037484.1|BU037484
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|211525835|gb|FL338603.1|FL338603
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCCT---CCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|211010858|gb|FL365108.1|FL365108
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|211255911|gb|FL358702.1|FL358702
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|78103988|gb|DV522406.1|DV522406
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|5268487|gb|AI770451.1|AI770451
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|22473323|gb|BU037803.1|BU037803
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|211264782|gb|FL317764.1|FL317764
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTKCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATA
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCT-CATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATA
EST: gi|21390140|gb|BQ528189.1|BQ528189
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|21987148|gb|BQ778676.1|BQ778676
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|32909292|gb|CF014104.1|CF014104
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATA
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACC-ATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATA
EST: gi|211436136|gb|FL365953.1|FL365953
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|22520926|gb|BU079737.1|BU079737
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|60397288|gb|DN230104.1|DN230104
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|87151873|gb|DY396662.1|DY396662
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCGCGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|14646048|gb|BI180237.1|BI180237
EST:     TCACCCCCTGTCTCTTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|21891495|gb|BQ744708.1|BQ744708
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|474242|gb|T18419.1|T18419
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGNNTCATGGAAAGTCC
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCC
EST: gi|211224646|gb|FL333448.1|FL333448
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
EST: gi|22542245|gb|BU092683.1|BU092683
EST:     TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGG                         GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT
genomic: TCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 351

CGTCGTGGATTGATGGAACAGGACTTAAGCAAACTGGATGTGACGAAGCTTCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 279

CGTCGTGGATTGATGGAACAGGACTTAAGCAAACTGGATGTGACGAAGCTTCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 180

CGTCGTGGATTGATGGAACAGGACTTAAGCAAACTGGATGTGACGAAGCTTCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 274

CGTCGTGGATTGATGGAACAGGACTTAAGCAAACTGGATGTGACGAAGCTTCACCCCCTGTCACCTGAAGTTATCTCACGCCAAGCAACAATCAATATGGgtatgaatgc ... aatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgcgaaaggaggcctcctgtggtaccataatattttttctgcaaatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG
                            ataatattttttctgc  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agcttcctatgaattcggaaatggcctgtatatgtattcagattttatgcgaaaggaggcctcctgtggtaccataatattttttctgcaaatatctcagGTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - -gcctgta
- - - - - - - - - - - - - - - tatgtat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cctcctg