1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtactgtttaacgctggatgtgcttcctaattcggctgctaaaatggggattgtaaggtggcttttcgtttgtgactggtctgcactctgcagGGTGGCTGCCGCACTGGGATGGCTAAGATGACAAATGCTTATGATTTGCCTGCCAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G100707_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGCTCCACGCTGCTGCAGGTTCGGGGCTCGCCGAGGAGTGCGCCACCCTG GGTGGCTGCCGCACTGGGATGGCTAAGATGACAAATGCTTATGATTTGCCTEST: gi|93015869|gb|EB641389.1|EB641389
genomic: GGCTCCACGCTGCTGCAGGTTCGGGGCTCGCCGAGGAGTGCGCCACCCTGgtactgttta ... cactctgcagGGTGGCTGCCGCACTGGGATGGCTAAGATGACAAATGCTTATGATTTGCCT
EST: GGCTCCACGCTGCTGCAGGTTCGGGGCTCGCCGAGGAGTGCGCCACCCTG GGTGGCTGCCGCACTGGGATGGCTAAGATGACAAATGCTTATGATTTGCCTEST: gi|71763741|gb|DR961678.1|DR961678
genomic: GGCTCCACGCTGCTGCAGGTTCGGGGCTCGCCGAGGAGTGCGCCACCCTGgtactgttta ... cactctgcagGGTGGCTGCCGCACTGGGATGGCTAAGATGACAAATGCTTATGATTTGCCT
EST: GGCTCCACGCTGCTGCAGGTTCGGGGCTCGCCGAGGAGTGCGCCACCCTG GGTGGCTGCCGCACTGGGATGGCTAAGATGACAAATGCTTATGATTTGCCTEST: gi|148965131|gb|EE015945.2|EE015945
genomic: GGCTCCACGCTGCTGCAGGTTCGGGGCTCGCCGAGGAGTGCGCCACCCTGgtactgttta ... cactctgcagGGTGGCTGCCGCACTGGGATGGCTAAGATGACAAATGCTTATGATTTGCCT
EST: GGCTCCACGCTGCTGCAGGTTCGGGGCTCGCCGAGGAGTGCGCCACCCTG GGTGGCTGCCGCACTGGGATGGCTAAGATGACAAATGCTTATGATTTGCCTEST: gi|60342456|gb|DN209429.1|DN209429
genomic: GGCTCCACGCTGCTGCAGGTTCGGGGCTCGCCGAGGAGTGCGCCACCCTGgtactgttta ... cactctgcagGGTGGCTGCCGCACTGGGATGGCTAAGATGACAAATGCTTATGATTTGCCT
EST: GGCTCCACGCTGCTGCAGGTTCGGGGCTCGCCGAGGAGTGCGCCACCCTG GGTGGCTGCCGCACTGGGATGGCTAAGATGACAAATGCTTATGATTTGCCTEST: gi|149110834|gb|EE294332.2|EE294332
genomic: GGCTCCACGCTGCTGCAGGTTCGGGGCTCGCCGAGGAGTGCGCCACCCTGgtactgttta ... cactctgcagGGTGGCTGCCGCACTGGGATGGCTAAGATGACAAATGCTTATGATTTGCCT
EST: GGCTCCACGCTGCTGCAGGTTCGGGGCTCGCCGAGGAGTGCGCCACCCTG GGTGGCTGCCGCACTGGGATGGCTAAGATGACAAATGCTTATGATTTGCCTEST: gi|31351359|gb|CD435716.1|CD435716
genomic: GGCTCCACGCTGCTGCAGGTTCGGGGCTCGCCGAGGAGTGCGCCACCCTGgtactgttta ... cactctgcagGGTGGCTGCCGCACTGGGATGGCTAAGATGACAAATGCTTATGATTTGCCT
EST: GGCTCCACGCTGCTGCAGGTTCGGGGCTCGCCGAGGAGTGCGCCACCCTG GGTGGCTGCCGCACTGGGATGGCTAAGATGACAAATGCTTATGATTTGCCTEST: gi|88754428|gb|DY538569.1|DY538569
genomic: GGCTCCACGCTGCTGCAGGTTCGGGGCTCGCCGAGGAGTGCGCCACCCTGgtactgttta ... cactctgcagGGTGGCTGCCGCACTGGGATGGCTAAGATGACAAATGCTTATGATTTGCCT
EST: GGCTCCACGCTGCTGCAGGTTCGGGGCTCGCCGAGGAGTGCGCCACCCTG GGTGGCTGCCGCACTGGGATGGCTAAGATGACAAATGCTTATGATTTGCCT
genomic: GGCTCCACGCTGCTGCAGGTTCGGGGCTCGCCGAGGAGTGCGCCACCCTGgtactgttta ... cactctgcagGGTGGCTGCCGCACTGGGATGGCTAAGATGACAAATGCTTATGATTTGCCT
ctaaaatggggattgtaaggtggcttttcgtttgtgactggtctgcactctgcagGGTGGCTGCCGCACTGGGATGGCTAAGATGACAAATGCTTATGATTTGCCTGCCAG
tgctaaa putative branch site (score: 108)
attgtaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtactgtttaacgctggatgtgcttcctaattcggctgctaaaatggggattgtaaggtggcttttcgtttgtgactggtctgcactctgcagGGTGGCTGCCGCACTGGGATGGCTAAGATGACAAATGCTTATGATTTGCCTGCCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG