1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtgagttctggaattgaatttgttgtatctcgtgcaccattactgatttattgggtttcttactgaatactaggttatatttggtcgtgtttgggtcagGATGACATGGCGGCAGTGGTATCCACAGTGTTGCTCGTCACCGGGGTGACTACATTGCTGCACATGTTTGTTGGAACGAGACTGCCACTTGTGCAGGGTC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G095611_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAATCATCCTGATTCCTCTCGTGATGGTCCCTGCTATGGGTGGCTCGGCT GATGACATGGCGGCAGTGGTATCCACAGTGTTGCTCGTCACCGGGGTGACTEST: gi|71443803|gb|DR824853.1|DR824853
genomic: CAATCATCCTGATTCCTCTCGTGATGGTCCCTGCTATGGGTGGCTCGGCTgtgagttctg ... tttgggtcagGATGACATGGCGGCAGTGGTATCCACAGTGTTGCTCGTCACCGGGGTGACT
EST: CAATCATCCTGATTCCTCTCGTGATGGTCCCTGCTATGGGTGGCTCGGCT GATGACATGGCGGCAGTGGTATCCACAGTGTTGCTCGTCACCGGGGTGACTEST: gi|78090543|gb|DV518917.1|DV518917
genomic: CAATCATCCTGATTCCTCTCGTGATGGTCCCTGCTATGGGTGGCTCGGCTgtgagttctg ... tttgggtcagGATGACATGGCGGCAGTGGTATCCACAGTGTTGCTCGTCACCGGGGTGACT
EST: CAATCATCCTGATTCCTCTCGTGATGGTCCCTGCTATGGGTGGCTCGGCT GATGACATGGCGGCAGTGGTATCCACAGTGTTGCTCGTCACCGGGGTGACT
genomic: CAATCATCCTGATTCCTCTCGTGATGGTCCCTGCTATGGGTGGCTCGGCTgtgagttctg ... tttgggtcagGATGACATGGCGGCAGTGGTATCCACAGTGTTGCTCGTCACCGGGGTGACT
gatttattgggtttcttactgaatactaggttatatttggtcgtgtttgggtcagGATGACATGGCGGCAGTGGTATCCACAGTGTTGCTCGTCACCGGGGTGACTACATTGCTGCACATGTTTGTTGGAACGAGACTGCCACTTGTGCAGGGTC
ttcttac putative branch site (score: 2)
ttatattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagttctggaattgaatttgttgtatctcgtgcaccattactgatttattgggtttcttactgaatactaggttatatttggtcgtgtttgggtcagGATGACATGGCGGCAGTGGTATCCACAGTGTTGCTCGTCACCGGGGTGACTACATTGCTGCACATGTTTGTTGGAACGAGACTGCCACTTGTGCAGGGTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC