1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtatagtacaagttcttttttcttttcttgatgatttttcattattggccgtattggacatttaggaccaagctgttgccatttgtctgcagCCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGGTTCACATGCTTCTTCATGCTGTTGCACTCTTCCTGGGTTCTGTTGGGAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G081148_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAG CCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGGEST: gi|211319648|gb|FL072380.1|FL072380
genomic: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAGgtatagtaca ... ttgtctgcagCCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGG
EST: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAG CCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGGEST: gi|211319642|gb|FL072374.1|FL072374
genomic: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAGgtatagtaca ... ttgtctgcagCCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGG
EST: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAG CCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGGEST: gi|211319649|gb|FL072381.1|FL072381
genomic: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAGgtatagtaca ... ttgtctgcagCCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGG
EST: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCG-AM SCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGGEST: gi|211319644|gb|FL072376.1|FL072376
genomic: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAGgtatagtaca ... ttgtctgcagCCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGG
EST: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAG CCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGGEST: gi|211319650|gb|FL072382.1|FL072382
genomic: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAGgtatagtaca ... ttgtctgcagCCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGG
EST: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAG CCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGGEST: gi|211319645|gb|FL072377.1|FL072377
genomic: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAGgtatagtaca ... ttgtctgcagCCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGG
EST: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAG CCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGGEST: gi|211352919|gb|FL033080.1|FL033080
genomic: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAGgtatagtaca ... ttgtctgcagCCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGG
EST: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAG CCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGGEST: gi|211319646|gb|FL072378.1|FL072378
genomic: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAGgtatagtaca ... ttgtctgcagCCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGG
EST: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAG CCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGGEST: gi|211319647|gb|FL072379.1|FL072379
genomic: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAGgtatagtaca ... ttgtctgcagCCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGG
EST: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAG CCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGGEST: gi|76920483|gb|DV168196.1|DV168196
genomic: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAGgtatagtaca ... ttgtctgcagCCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGG
EST: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAG CCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGGEST: gi|211319643|gb|FL072375.1|FL072375
genomic: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAGgtatagtaca ... ttgtctgcagCCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGG
EST: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAG CCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGGEST: gi|50323966|gb|CO519092.1|CO519092
genomic: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAGgtatagtaca ... ttgtctgcagCCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGG
EST: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAG CCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGGEST: gi|211459277|gb|FL072383.1|FL072383
genomic: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAGgtatagtaca ... ttgtctgcagCCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGG
EST: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAG CCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGG
genomic: GTGCATCCTGTGCTTATGCTAATAGGATTCATCATCCTAGGGAGCGAAGgtatagtaca ... ttgtctgcagCCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGG
ttcattattggccgtattggacatttaggaccaagctgttgccatttgtctgcagCCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGGTTCACATGCTTCTTCATGCTGTTGCACTCTTCCTGGGTTCTGTTGGGAT
tttgtct CT-rich tract
acattta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatagtacaagttcttttttcttttcttgatgatttttcattattggccgtattggacatttaggaccaagctgttgccatttgtctgcagCCATAATGAGCTACAAAATATGGCCATGGAGTCATGATACAAACAAGATGGTTCACATGCTTCTTCATGCTGTTGCACTCTTCCTGGGTTCTGTTGGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT