Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatgatgtaaatgctttcaggcttctcttttctgttacatgacaaattttagtttagtgatatcttgtccgtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGCTGATCCATCTAATTCTCCACGGGATTGCACTCGTCCTTGGTGCGGTTGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G060357_T01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G060357_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os02g42890.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtaaatgatgtaaatgctttcaggcttctcttttctgttacatgacaaattttagtttagtgatatcttgtccgtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGCTGATCCATCTAATTCTCCACGGGATTGCACTCGTCCTTGGTGCGGTTGG
|||| |  | |   || | | |   || | | |   |||    || || |||||||  | | ||  ||| ||| | ||| ||||||||||||| |||| ||| ||||| || | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| || ||  | |||||||||||
gtaagttgttttgttgttattattattatttctgtggttcgtggaaaagttttagt--aat-attccttctccattttggcagCTATAATGGTATACAAGGTCCTTCCTACTTGGAAGCATGATACAACTAAGCTGATCCATCTAATTCTCCATGCAATTGCCCTTGTATTCGGTGCGGTTGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78180333|gb|DV550706.1|DV550706
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|8577184|gb|BE129821.1|BE129821
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|148938242|gb|EC882533.2|EC882533
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211354978|gb|FL245103.1|FL245103
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|60354340|gb|DN221313.1|DN221313
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211275486|gb|FL301567.1|FL301567
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211273679|gb|FL301561.1|FL301561
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|32866290|gb|CF005972.1|CF005972
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211273672|gb|FL301554.1|FL301554
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211275485|gb|FL301566.1|FL301566
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211273675|gb|FL301557.1|FL301557
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211273682|gb|FL301564.1|FL301564
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|28187673|gb|CB179283.1|CB179283
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAG
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGG-TACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAG
EST: gi|32865638|gb|CF005320.1|CF005320
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|149009145|gb|EE041281.2|EE041281
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211273676|gb|FL301558.1|FL301558
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211352577|gb|FL245095.1|FL245095
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|1366564|gb|W59826.1|W59826
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211354976|gb|FL245101.1|FL245101
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|148959552|gb|EC905522.2|EC905522
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|148941514|gb|EC886445.2|EC886445
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211352579|gb|FL245097.1|FL245097
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211275490|gb|FL301571.1|FL301571
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|37400916|gb|CF637818.1|CF637818
EST:     CGTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATNATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATTATGACACAACTAAGC
genomic: CGTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|50323464|gb|CO518590.1|CO518590
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211352575|gb|FL245093.1|FL245093
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211273673|gb|FL301555.1|FL301555
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211275484|gb|FL301565.1|FL301565
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|149106897|gb|EE188797.2|EE188797
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|71436474|gb|DR817524.1|DR817524
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211273674|gb|FL301556.1|FL301556
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|22472656|gb|BU037136.1|BU037136
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|149080500|gb|EE169531.2|EE169531
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|12047248|gb|BF729387.1|BF729387
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|148994879|gb|EE034279.2|EE034279
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|87156548|gb|DY401337.1|DY401337
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211354977|gb|FL245102.1|FL245102
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211352580|gb|FL245098.1|FL245098
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|148957898|gb|EC904053.2|EC904053
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211275489|gb|FL301570.1|FL301570
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211352576|gb|FL245094.1|FL245094
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcttttctgttacatgacaaattttagtttagtgatatcttgtccgtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGCTGATCCATCTAATTCTCCACGGGATTGCACTCGTCCTTGGTGCGGTTGG
                acaaattttagttta  TA-rich tract