1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...aatcttggagctagagccgtgccagaggaggcattaccactttgttattagattttaacgatattatttttccttattgttgtgttgttgttgtttaaagGTTCATGAGGAGCTTCTTGCTGCGATTAAGGATGCCGAGGAGGGTCTTCTCCATTTGAAGCGCTCTAGGCTACTGAAGCAAGTAGATGAGATCTTTCCAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G017923_T02 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCGCCGCCGACCCCTCCAACGCCGACCTCCTCGAG GTTCATGAGGAGCTTCTTGCTGCGATTAAGGATGCCGAGGAGGGTCTTCTCEST: gi|87156595|gb|DY401384.1|DY401384
genomic: TCGCCGCCGACCCCTCCAACGCCGACCTCCTCGAGgtgcgtcgcg ... ttgtttaaagGTTCATGAGGAGCTTCTTGCTGCGATTAAGGATGCCGAGGAGGGTCTTCTC
EST: TCGCCGCCGACCCCTCCAACGCCGACCTCCTCGAG GTTCATGAGGAGCTTCTTGCTGCGATTAAGGATGCCGAGGAGGGTCTTCTCEST: gi|26558536|gb|CA830771.1|CA830771
genomic: TCGCCGCCGACCCCTCCAACGCCGACCTCCTCGAGgtgcgtcgcg ... ttgtttaaagGTTCATGAGGAGCTTCTTGCTGCGATTAAGGATGCCGAGGAGGGTCTTCTC
EST: TCGCCGCCGACCCCTCCAACGCCGACCTCCTCGAG GTTCATGAGGAGCTTCTTGCTGCGATTAAGGATGCCGAGGAGGGTCTTCTC
genomic: TCGCCGCCGACCCCTCCAACGCCGACCTCCTCGAGgtgcgtcgcg ... ttgtttaaagGTTCATGAGGAGCTTCTTGCTGCGATTAAGGATGCCGAGGAGGGTCTTCTC
tattagattttaacgatattatttttccttattgttgtgttgttgttgtttaaagGTTCATGAGGAGCTTCTTGCTGCGATTAAGGATGCCGAGGAGGGTCTTCTCCATTTGAAGCGCTCTAGGCTACTGAAGCAAGTAGATGAGATCTTTCCAG
ttttaac putative branch site (score: 2)
attttaacgatattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aatcttggagctagagccgtgccagaggaggcattaccactttgttattagattttaacgatattatttttccttattgttgtgttgttgttgtttaaagGTTCATGAGGAGCTTCTTGCTGCGATTAAGGATGCCGAGGAGGGTCTTCTCCATTTGAAGCGCTCTAGGCTACTGAAGCAAGTAGATGAGATCTTTCCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - -tggagct
- - - - - - - -gccgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgtt