1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tccattattcacgaaaattccggattctttattccctgctatctagagattcagggagcgtctgtcttaacgtttctggaattgttgatgctctgtacagAGATATGTGGCGCTGAAGGTGCAGAAGAGCGCCCAACACTACACAGAAGCAGCCATGGATGAGATCAAGATCTTGAAGGAAATTGCTGATGGTGATCCTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G009843_T02 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATGGGGCCACTTCTCCACCGTCTGGCTTGCCTGGGACAAAGCCCATTCC AGATATGTGGCGCTGAAGGTGCAGAAGAGCGCCCAACACTACACAGAAGCAEST: gi|211349639|gb|FL220808.1|FL220808
genomic: GATGGGGCCACTTCTCCACCGTCTGGCTTGCCTGGGACGAAGCCCATTCCgtacgtaatc ... ctctgtacagAGATATGTGGCGCTGAAGGTGCAGAAGAGCGCCCAACACTACACAGAAGCA
EST: GATGGGGCCACTTCTCCACCGTCTGGCTTGCCTGGGACAAAGCCCATTCC AGATATGTGGCGCTGAAGGTGCAGAAGAGCGCCCAACACTACACAGAAGCA
genomic: GATGGGGCCACTTCTCCACCGTCTGGCTTGCCTGGGACGAAGCCCATTCCgtacgtaatc ... ctctgtacagAGATATGTGGCGCTGAAGGTGCAGAAGAGCGCCCAACACTACACAGAAGCA
gagattcagggagcgtctgtcttaacgtttctggaattgttgatgctctgtacagAGATATGTGGCGCTGAAGGTGCAGAAGAGCGCCCAACACTACACAGAAGCAGCCATGGATGAGATCAAGATCTTGAAGGAAATTGCTGATGGTGATCCTG
aattgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tccattattcacgaaaattccggattctttattccctgctatctagagattcagggagcgtctgtcttaacgtttctggaattgttgatgctctgtacagAGATATGTGGCGCTGAAGGTGCAGAAGAGCGCCCAACACTACACAGAAGCAGCCATGGATGAGATCAAGATCTTGAAGGAAATTGCTGATGGTGATCCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - cctgcta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgat