1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
gtacattttccgagaaggttgatctgaatctagttgcttatctattgcagctactcaatatgatggtaacatgacatggtcccttaaattactagGTATGCGTTCCCCATAAAATGCACAGACGTTATCTATGGTGATACTCCTGATGATATTGTTGAAATTCGAGCAGAATATGATCCTTTGAAGACTTCTAAA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G048012_T01 |
intron # | 17 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GACTCAAAAGACTACTATGGGCTGGCCCCTGGTAAATCTGTCATGCTAAG GTATGCGTTCCCCATAAAATGTACAGACGTTATCTATGGTGATACTCCTGAEST: gi|31357474|gb|CD441831.1|CD441831
genomic: GACTCAAAAGACTACTATGGGCTGGCCCCTGGTAAATCTGTCATGCTAAGgtacattttc ... aaattactagGTATGCGTTCCCCATAAAATGCACAGACGTTATCTATGGTGATACTCCTGA
EST: CAAAAGACTACTATGGGCTGGCCCCTGGTAAATCTGTCATGCTAAG GTATGCGTTCCCCATAAAATGCACAGACGTTATCTATGGTGATACTCCTGAEST: gi|67014180|gb|CO442929.1|CO442929
genomic: CAAAAGACTACTATGGGCTGGCCCCTGGTAAATCTGTCATGCTAAGgtacattttc ... aaattactagGTATGCGTTCCCCATAAAATGCACAGACGTTATCTATGGTGATACTCCTGA
EST: GACTCAAAAGACTACTATGGGCTGGCCCCTGGTAAATCTGTCATGCTAAG GTATGCGTTCCCCATAAAATGTACAGACGTTATCTATGGTGATACTCCTGAEST: gi|71304661|gb|DR788447.1|DR788447
genomic: GACTCAAAAGACTACTATGGGCTGGCCCCTGGTAAATCTGTCATGCTAAGgtacattttc ... aaattactagGTATGCGTTCCCCATAAAATGCACAGACGTTATCTATGGTGATACTCCTGA
EST: GACTCAAAAGACTACTATGGGCTGGCCCCTGGTAAATCTGTCATGCTAAG GTATGCGTTCCCCATAAAATGCACAGACGTTATCTATGGTGATACTCCTGA
genomic: GACTCAAAAGACTACTATGGGCTGGCCCCTGGTAAATCTGTCATGCTAAGgtacattttc ... aaattactagGTATGCGTTCCCCATAAAATGCACAGACGTTATCTATGGTGATACTCCTGA
tctattgcagctactcaatatgatggtaacatgacatggtcccttaaattactagGTATGCGTTCCCCATAAAATGCACAGACGTTATCTATGGTGATACTCCTGATGATATTGTTGAAATTCGAGCAGAATATGATCCTTTGAAGACTTCTAAA
tggtaac putative branch site (score: 128)
tccctta putative PPT
ttaaattacta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacattttccgagaaggttgatctgaatctagttgcttatctattgcagctactcaatatgatggtaacatgacatggtcccttaaattactagGTATGCGTTCCCCATAAAATGCACAGACGTTATCTATGGTGATACTCCTGATGATATTGTTGAAATTCGAGCAGAATATGATCCTTTGAAGACTTCTAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA