1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
...ttcttcttaatacaatgcccgggggctgtcttacccccgcaggtcaagttttttttttagtgtacttaatgccgatacattttccaaactttgttttcagCATGAGAAGCAATTACATGCTTTGGCAAATGCGCTGCTGGAGCGTGAAACACTTACTGCAGATGAGATCAACAAAGTAGTTCACCCTTACCAAGAAGAAC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G156069_T01 |
intron # | 16 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGAAGCTCCTAAGAGAAGCTTATGGGCGGGTCAAACGATTGCTTAAGAAG CATGAGAAGCAATTACATGCTTTGGCAAATGCGCTGCTGGAGCGTGAAACAEST: gi|71419698|gb|DR804868.1|DR804868
genomic: TGAAGCTCCTAAGAGAAGCTTATGGGCGGGTCAAACGATTGCTTAAAAAGgtttgtctca ... ttgttttcagCATGAGAAGCAATTACATGCTTTGGCAAATGCGCTGCTGGAGCGTGAAACA
EST: TGAAGCTCCTAAGAGAAGCTTATGGGCGGGTCAAACGATTGCTTAAAAAG CATGAGAAGCAATTACATGCTTTGGCAAATGCGCTGCTGGAGCGTGAAACA
genomic: TGAAGCTCCTAAGAGAAGCTTATGGGCGGGTCAAACGATTGCTTAAAAAGgtttgtctca ... ttgttttcagCATGAGAAGCAATTACATGCTTTGGCAAATGCGCTGCTGGAGCGTGAAACA
aagttttttttttagtgtacttaatgccgatacattttccaaactttgttttcagCATGAGAAGCAATTACATGCTTTGGCAAATGCGCTGCTGGAGCGTGAAACACTTACTGCAGATGAGATCAACAAAGTAGTTCACCCTTACCAAGAAGAAC
acttaat putative branch site (score: 128)
ctttgttttc putative PPT
ttttttttagtgta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttcttcttaatacaatgcccgggggctgtcttacccccgcaggtcaagttttttttttagtgtacttaatgccgatacattttccaaactttgttttcagCATGAGAAGCAATTACATGCTTTGGCAAATGCGCTGCTGGAGCGTGAAACACTTACTGCAGATGAGATCAACAAAGTAGTTCACCCTTACCAAGAAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - caatgcc
- - - - - - - - - - -ggggctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - ccccgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatgccg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tacattt